Fungi laut endofit mengandung senyawa bioaktif alami sehingga memiliki kemampuan sebagai antimikroba, antitumor, antivirus, antikanker, dan antiinflamasi. Tujuan penelitian ini adalah menentukan potensi senyawa bioaktif yang dimiliki oleh fungi laut endofit dan aktivitas antibakterinya dalam menghambat pertumbuhan bakteri patogen Vibrio harveyi. Penelitian dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu isolasi, seleksi, uji antagonis, ekstraksi senyawa aktif, dan uji antibakteri. Isolasi dan seleksi fungi laut endofit dilakukan pada sampel rumput laut dan mangrove yang berasal dari Pulau Buton, Sulawesi Tenggara menggunakan media potato dextrose agar (PDA). Isolat sebanyak 35 diuji antagonis dengan bakteri patogen Vibrio harveyi dan menghasilkan zona bening yang berkisar antara 2-21 mm. Ekstraksi dilakukan dengan metode maserasi menggunakan pelarut etil asetat dan dipekatkan dengan rotary evaporator. Ekstrak isolat fungi laut Aspergillus terreus (WB 1-2) membentuk zona hambat (inhibisi) tertinggi pada bobot 2 mg/mL sebesar 21,8±0,3 mm. Diameter zona hambat ekstrak Aspergillus terreus tersebut lebih besar dibandingkan dengan kloramfenikol (19 mm) yang digunakan sebagai kontrol positif. Hal ini menunjukkan bahwa fungi laut endofit A. terreus dapat digunakan sebagai antibakteri alami dalam pencegahan patogen di dalam bidang akuakultur.