To restore lateral connectivity in highly regulated river-floodplain systems, it has become necessary to implement localized, "managed" connection flows, made possible using floodplain irrigation infrastructure. These managed flows contrast with "natural", large-scale, overbank flood pulses. We compared the effects of a managed and a natural connection event on (i) the composition of the large-bodied fish community and (ii) the structure of an endangered catfish population of a large floodplain lake. The change in community composition following the managed connection was not greater than that exhibited between seasons or years during disconnection. By contrast, the change in fish community structure following the natural connection was much larger than that attributed to background, within-and between-year variability during disconnection. Catfish population structure only changed significantly following the natural flood. While the natural flood increased various population rates of native fishes, it also increased those of non-native carp, a pest species. To have a positive influence on native biodiversity, environmental flows may need to be delivered to floodplains in a way that simulates the properties of natural flood pulses. A challenge, however, will be managing river-floodplain connectivity to benefit native more than non-native species.Résumé : Pour rétablir la connectivité de réseaux fluviaux fortement régularisés de plaine inondable, il est devenu nécessaire de mettre en place des débits de connexion « gérés » localisés rendus possibles par les infrastructures d'irrigation dans la plaine inondable. Ces écoulements se distinguent des débordements transitoires « naturels » à grande échelle associés aux crues. Nous avons comparé les effets d'évènements de connexion géré, d'une part, et naturel, d'autre part, sur (i) la composition de la communauté de gros poissons et (ii) la structure d'une population menacée de barbues dans un grand lac de plaine inondable. La modification de la composition de la communauté après l'évènement de connexion géré n'était pas plus importante que la variabilité observée d'une saison à l'autre ou d'une année à l'autre en situation de déconnexion. En revanche, la modification de la structure de la communauté de poissons après l'évènement de connexion naturel était beaucoup plus importante que celle attribuable à la variabilité intersaisonnière et interannuelle de fond en situation de déconnexion. La structure de la population de barbues n'a changé de manière significative qu'après la crue naturelle. Si cette crue naturelle a entraîné une augmentation des taux de population de divers poissons indigènes, elle s'est également traduite par une augmentation du taux de population des carpes, une espèce parasite non indigène. Il se pourrait que, pour avoir une incidence positive sur la biodiversité indigène, les débits environnementaux dans les plaines inondables doivent simuler les propriétés des crues naturelles. L'un des défis que cela présente consiste à gérer la connectivité hydr...