Актуальність. Продукування мікрофлорою кишечника численних біологічно активних сполук та їх метаболітів, взаємодія з імунною та іншими системами актуалізують питання вивчення її змін при різних захворюваннях, одним з яких є тиреотоксикоз. Мета дослідження: встановити ступінь порушення мікробіому вмісту порожнини товстої кишки білих щурів з експериментальним тиреотоксикозом (ЕТ). Матеріали та методи. Дослідження проведені на 25 статевозрілих самцях білих щурів (15 — контрольна група, 10 — дослідна). Моделювали ЕТ шляхом внутрішньошлункового введення L-тироксину упродовж 14 днів. У стерильних умовах проводили лапаротомію, брали відрізок (2–3 см) товстої кишки з її вмістом. До вмісту додавали стерильний 0,9% розчин хлориду натрію. Готували серію десятикратних розведень з концентрацією вихідної суміші від 10–2 до 10–11. З кожної пробірки 0,01 мл висівали на тверді живильні середовища з подальшим виділенням та ідентифікацією мікробів за морфологічними, тинкторіальними, культуральними та біохімічними властивостями. Результати. Показано, що у тварин з ЕТ головний мікробіом представлений бактеріями роду Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroides, а також умовно-патогенними ентеробактеріями (Escherichia, Proteus, Klebsiella), пептококом, стафілококами й клостридіями. Це супроводжується елімінацією з біотопу бактерій родів Peptostreptococcus, Enterococcus та контамінацією К.oxytoca та стафілококами. Відзначається виражений дефіцит біфідобактерій на 42,81 %, лактобактерій — на 22,57 %, нормальних кишкових паличок — на 16,48 %. За популяційним рівнем, коефіцієнтом кількісного домінування й коефіцієнтом значущості провідне місце посідають бактероїди, роль яких підвищується на 21,72 %, а лактобактерій — знижується на 39,31 %, біфідобактерій — знижується на 51,48 % та кишкової палички — знижується на 57,49 %. При цьому підвищується роль пептокока у 3,37 раза, клостридій — у 4,53 раза, протеїв — на 72,93 %. Висновки. При ЕТ відбувається елімінація бактерій роду Bifidobacterium, Lactobacillus, Peptostreptococcus, Enterococcus і контамінація біотопу умовно-патогенними ентеробактеріями (Proteus, Klebsiella) і стафілококами. Дефіцит біфідобактерій і лактобактерій призводить до змін таксономічного складу й формування дисбактеріозу ІІ і ІІІ ступеня.