Hasil In Silico Senyawa Z12501572, Z00321025, SCB5631028 dan SCB13970547 dibandingkan Turunan Zerumbon terhadap Human Liver Glycogen Phosphorylase (1l5Q) sebagai Antidiabetes

Abstract

Human Liver Glycogen Phosphorylase (HLGP), suatu katalis glikogen yang mengontrol pelepasan glukosa-1fosfat glikogen dari hati. Enzim ini mempunyai peran sentral dalam luaran glukosa hati sehingga menjadi target obat antidiabetik. Kajian docking dilakukan pada komputer dengan prosesor Intel Pentium, RAM 1 GB dan Windows 7. Ligan yang digunakan adalah senyawa obat (Z12501572, Z00321025, SCB5631028 dan SCB13970547), dataset pembanding aktif glycogen phosphorylase outer dimer site (PYGL-out) dan decoysdari www.dekois.com dan turunan zerumbon. Protein dipisahkan dari ligan nativ dan semua ligan beserta protein dikonversi menggunakan PyRx. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkan dengan program Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) dan PyMOL. Senyawa ZER11 memiliki binding energy terbaik, yaitu-7.11 kkal/mol (untuk metode LGA dan GA) dan-4.08 kkal/mol untuk metode SA. Nilai binding energy tersebut lebih rendah dari pada nilai untuk ligan native dan satu dari keempat senyawa obat, terlebih jika dibandingkan dengan bindingaffinity dari dataset dan decoys. Interaksi ligan-protein pada ketiga metode tersebut ditemukan sangat bervariasi. Hal berbeda terjadi untuk metode Vina, bindingenergy ZER11 (-9.9 kkal/mol) lebih baik dibandingkan dengan ligan native dan keempat senyawa obat. Senyawa ZER11 memiliki residu interaksi yang sama dengan ligan native pada TRP67 dan LYS191 untuk metode Vina.

The potential active compounds of Jatropha multifida Linn. as an anti-COVID-19 mouthwash: In silico study

“…The lower the bond energy between the ligand and protein, the stronger the ligand or compound binds. 24 This result is consistent with previous research suggesting that quercetin may affect SARS-CoV-2 by interacting with 3CLPro, PLpro, and the S protein. 25 Apigenin 7-glucoside-4'-p-coumarate exhibits various antiviral activities both in vivo and in vitro; that is, it inhibits MPro SARS-CoV-2 , 26 against enterovirus 71 (EV71), human immunodeficiency virus (HIV), and adenovirus.…”

Molecular Docking Metabolit Sekunder Buah Buasbuas (Premna Pubescens Blume) sebagai Antiinflamasi pada aterosklerosis: Pendekatan In-Silico

“…Molecular docking dengan metode in silico merupakan kunci dalam biologi molekular dan metode desain obat yang menggunakan bantuan komputer. Docking dapat digunakan untuk melakukan skrining virtual pada database senyawa yang besar, peringkat hasil dan mengusulkan hipotesis struktural bagaimana ligan menghambat target, yang sangat penting dalam optimasi utama 14 . Metode in silico memiliki kelebihan yaitu lebih murah dan lebih cepat untuk menghasilkan hasil.…”

Studi In Silico Potensi Antikanker Leukemia Limfositik Senyawa Alkaloid Indol terhadap Protein BCL-2

“…Hal ini dikarenakan semakin kecil ikatan energi yang dimiliki maka ligan tersebut akan menjadi semakin poten menjadi kandidat senyawa antikanker. Semakin kecil nilai energi ikatan, berarti afinitas antara ligan dengan reseptor akan semakin kuat karena hanya membutuhkan sedikit energi untuk berikatan [22]. Apabila dibandingkan dengan venetoclax, tetrahydroalstonine memiliki nilai energi ikatan lebih besar.…”