Analysis of mtDNA sequence variation (2,548 bp from ND2, cytb, and part of the control region) indicates that the genus Cyprinodon began diverging in the Late Miocene from a common ancestor with Megupsilon, a monotypic genus on the Mesa del Norte of Mexico. The geographic pattern of mtDNA variation, with estimates of divergence time, suggests that by the end of the Miocene Cyprinodon occurred from the Atlantic Coast and West Indies to near the western margin of North America via ancestral Rio Grande and Colorado River systems. Phylogeographic structure within the major mtDNA complexes supports a variety of hypotheses from geology and previous phylogenetic analyses for Late Neogene connections among basins in southwestern North America now separated by formidable barriers to dispersal. Comparison of the mtDNA tree with previous phylogenetic inferences from allozymes indicates that reticulate evolution involving divergent lineages probably was important in the history of Cyprinodon.El análisis de variació n de secuencias de ADNmt (ND2, cytb, y parte de la región reguladora; 2,548 pb) indica que el género Cyprinodon empezó a divergir en el mioceno tardío de un antepasado comú n con Megupsilon, un género monotípico de la Mesa del Norte de México. El patró n geográfico de la variació n de ADNmt, con estimadas de los tiempos divergencias, sugiere que al llegar al fin del mioceno Cyprinodon ocurrió desde la costa Atlántica y las Antillas hasta casi el margen oeste de Norteamérica por los sistemas pluviales antiguos del río Bravo y del río Colorado. La estructura filogeográfica entre los grupos principales de ADNmt apoya a una variedad de hipó tesis de la geología y de los análisis filogenéticos anteriores para conexiones del neogeno tardío entre cuencas del suroeste de Norteamérica que ahora están separadas por barreras imponentes contra la dispersió n. La comparació n del árbol de ADNmt con deducciones filogenéticos anteriores de alozimas indica que la evolució n reticulada que incluye líneas divergentes probablemente fue importante en la historia del Cyprinodon.