Introducción: el hipotiroidismo congénito es un trastorno de la glándula tiroides en neonatos que se caracteriza por una baja producción de las hormonas tiroideas y conduce a daños irreversibles en el desarrollo psicomotor y cognitivo cuando se detecta tardíamente. El diagnóstico temprano de esta condición permite establecer un tratamiento y seguimiento efectivo del caso para evitar las consecuencias irreversibles inherentes a esta enfermedad. Métodos: estudio de casos y controles (1:4) anidado en una cohorte de neonatos del Hospital Universitario de Santander entre junio de 2014 y diciembre de 2016. Se consideraron casos probables de HC los neonatos con niveles de hormona estimulante de tiroides >15µU/mL en sangre de cordón o >10µU/mL en sangre de talón. Como controles se seleccionaron aleatoriamente 226 neonatos con niveles normales de hormona estimulante de tiroides. La información clínica y demográfica se consultó en las historias clínicas. Resultados: se tamizaron 6.180 neonatos detectándose 55 casos probables de HC para una prevalencia de 8,90 por 1.000 nacidos vivos (IC95 % 6,71–11,57). Los factores asociados con casos probables de HC fueron el control prenatal completo (ORa 0,30; IC95 % 0,11-0,87) y control prenatal incompleto (ORa 0,34; IC95 % 0,13-0,88) comparado con ningún control, ser madre primigestante (ORa 2,08; IC95 % 1,08-4,02), APGAR a los 5 minutos <9 (ORa 3,69; IC95 % 1,46-9,33) y bajo peso al nacer (ORa 3,04; IC95 % 1,13–8,19). Conclusiones: la prevalencia de HC fue más alta que en estudios previos, sin embargo, la prueba confirmatoria de tiroxina T4 no se realizó en el hospital. Estos factores se pueden utilizar para vigilar estrechamente que en todos los recién nacidos con estas características se realice la tamización, así como para priorizar la confirmación de los casos probables de HC.