HT29 Hücre Hattında Sirkadiyen Ritme Bağlı Gen İfadesinin Kontrolünde Referans Gen Farklılığının Senkronizasyondaki Rolü

Abstract

Sirkadiyen zamanlama sistemi, memeli organ ve hücrelerinde bulunan moleküler saatler aracılığı ile pek çok hayati fonksiyonu kontrol etmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile sirkadiyen ritmin hastalıklardaki rolü daha iyi anlaşılmıştır. Bu kapsamda gerçekleştirilecek hücre kültürü çalışmalarında öncelikli olarak senkronizasyonun sağlanması ve kontrolü önem arz etmektedir. Sunduğumuz çalışmada besin aracılığı ile senkronize edilen HT-29 hücrelerinde, senkronizasyon saat geni olarak da bilinen PER2 ve iki farklı referans gen ile kontrol edilmiştir. Amacımız senkronizasyon kontrolünde referans genlerin rolünü incelemektir. Bu amaçla; serum şokunu takiben HT-29 hücreleri T0 zamanından itibaren 6 farklı zamanda toplanarak RNA izole edilmiş ve PER2, ACTB ve RPLP0 gen ekspresyonları gerçek zamanlı PZR (RT-PZR) deneyi ile kantifiye edilmiştir. Sonuçlar Fourier transformasyon ve Lineer Cosinor analizleri ile değerlendirilmiştir. ACTB referans geni seçildiğinde Fourier transformasyon analizi ile 24 ve 30 saatlik periyotlar anlamlı değişim gösterirken, Lineer Cosinor analizi ile sadece 24 saatlik periyot süresi anlamlı değişim göstermiştir. RPLP0 referans geni seçildiğinde her iki analiz ile de 18 saatlik periyot süresi anlamlılık göstermiştir. Bulguların gösterdiği gibi senkronizasyonun başlatılması ve kontrolünde referans gen ve analiz yöntemi gibi pek çok parametrenin birlikte değerlendirilmesi önem arz etmektedir. Yapılan çalışmanın bu alanda yapılacak in vitro çalışmalar için farkındalık yaratacağı düşünülmektedir.