Kelimpahan fitoplankton dapat dipengaruhi oleh nitrat dan fosfat. Nitrat berperan dalam proses sintesis protein dalam pertumbuhan fitoplankton dan fosfat berperan dalam proses pertumbuhan dan metabolisme fitoplankton. Penelitian ini bertujuan untuk melihat pengaruh nitrat dan fosfat terhadap kelimpahan fitoplankton. Penelitian dilakukan dibulan Agustus 2022. Pengambilan sampel dilakukan di 3 titik lokasi penelitian yaitu di area dekat mangrove (pengambilan sampel di sungai dan kanal di dalam hutan mangrove), area dekat pasar ikan dan area jauh dari laut. Sampel yang diambil yaitu sampel air sebanyak 100 ml untuk analisis fitoplankton. Hasil penelitian menunjukkan konsentrasi nitrat dan fosfat yaitu 0,4 – 3,6 mg/l dan 0,94 – 6,3 mg/l. Konsentrasi nitrat tertinggi terdapat di area sungai sedangkan kandungan fosfat terbanyak terdapat di Stasiun 3 yang jauh dari laut. Kelimpahan fitoplankton tertinggi di Stasiun 2 yang terletak di Pasar Ikan dengan kelimpahan fitoplankton 832 ind/l, keanekaragaman (0,31 - 1,84), keragaman (0,17 – 0,95), dominansi (0,22 – 0,86). Hasil identifikasi yang telah dilakukan, fitoplankton yang terdapat di Perairan Sungai Bakau Besar terdiri dari 23 genera dan didominasi oleh Skeletonema sp. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa pengaruh nitrat dan fosfat terhadap kelimpahan fitoplankton pada penelitian ini tergolong sangat rendah yang mana terdapat faktor lain dalam mempengaruhi kelimpahan plankton.