Resumo Objetivo Investigar a frequência de sintomas otoneurológicos em crianças com hipotireoidismo congênito e relacioná-los com os aspectos clínicos. Métodos Estudo exploratório de caráter descritivo seccional. A casuística foi composta pelos pais e/ou cuidadores de 105 crianças com diagnóstico de hipotireoidismo congênito e com 5 anos ou mais de idade. A coleta de dados utilizou um questionário estruturado elaborado e testado pelos pesquisadores. As informações clínicas e laboratoriais foram obtidas dos prontuários médicos. Resultados A maioria dos indivíduos (72,4%) demonstrou sintomas relacionados à disfunção vestibulococlear, na qual a tontura/vertigem correspondeu a 56,2% dos sintomas, seguida pela hipoacusia (43,8%) e pelo zumbido (12,4%). Houve correlação estatística entre os sintomas de hipoacusia (p=0,016) e a idade para o teste de rastreio neonatal, bem como os sintomas de tontura/vertigem com a etiologia do hipotireoidismo congênito (p=0,003). Na percepção da hipoacusia (RP=0,49; IC=0,31-0,77), a exposição ao fator demonstrou associação com a probabilidade de 95%. Conclusão Os achados sugerem significativa prevalência e associação entre hipotireoidismo congênito e sintomas otoneurológicos, especialmente tontura, hipoacusia e zumbido.