ETV6/RUNX1‐like acute lymphoblastic leukemia: A novel B‐cell precursor leukemia subtype associated with the CD27/CD44 immunophenotype

Abstract

We have shown previously that ETV6/RUNX1-positive acute lymphoblastic leukemia (ALL) is distinguishable from other ALL subtypes by CD27 /CD44 immunophenotype. During diagnostic immunophenotyping of 573 childhood B-cell precursor ALL (BCP-ALL), we identified eight cases with this immunophenotype among "B-other ALL" (BCP-ALL cases negative for routinely tested chromosomal/genetic aberrations). We aimed to elucidate whether these cases belong to the recently described ETV6/RUNX1-like ALL defined by the ETV6/RUNX1-specific gene expression profile (GEP), harboring concurrent ETV6 and IKZF1 lesions. We performed comprehensive genomic analysis using single nucleotide polymorphism arrays, whole exome and transcriptome sequencing and GEP on microarrays. In unsupervised hierarchical clustering based on GEP, five out of seven analyzed CD27 /CD44 B-other cases clustered with ETV6/RUNX1-positive ALL and were thus classified as ETV6/RUNX1-like ALL. The two cases clustering outside ETV6/RUNX1-positive ALL harbored a P2RY8/CRLF2 fusion with activating JAK2 mutations and a TCF3/ZNF384 fusion, respectively, assigning them to other ALL subtypes. All five ETV6/RUNX1-like cases harbored ETV6 deletions; uniform intragenic ARPP21 deletions and various IKZF1 lesions were each found in three ETV6/RUNX1-like cases. The frequency of ETV6 and ARPP21 deletions was significantly higher in ETV6/RUNX1-like ALL compared with a reference cohort of 42 B-other ALL. In conclusion, we show that ETV6/RUNX1-like ALL is associated with CD27 /CD44 immunophenotype and identify ARPP21 deletions to contribute to its specific genomic profile enriched for ETV6 and IKZF1 lesions. In conjunction with previously published data, our study identifies the ETV6 lesion as the only common genetic aberration and thus the most likely key driver of ETV6/RUNX1-like ALL.

Two novel fusion genes, AIF1L‐ETV6 and ABL1‐AIF1L, result together with ETV6‐ABL1 from a single chromosomal rearrangement in acute lymphoblastic leukemia with prenatal origin

“…Fusion transcripts and acquired mutations were analyzed by whole transcriptome and whole exome sequencing as described previously . Copy number aberrations (CNA) were identified using CytoScan HD array (>2.4 million markers per array, resolution 25–50 kb; Affymetrix, Santa Clara, CA).…”

“…Fusion transcripts and acquired mutations were analyzed by whole transcriptome and whole exome sequencing as described previously. 12 Copy number aberrations (CNA) were identified using CytoScan HD array (>2.4 million markers per array, resolution 25-50 kb; Affymetrix, Santa Clara, CA). Analysis was performed as a service in the Laboratory for Molecular Biology and Tumor Cytogenetics at the Department of Internal Medicine of Hospital Barmherzige Schwestern (Linz, Austria).…”

Flow cytometric analysis of leukemic blast cells in pediatric B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia with translocation t(12;21)(p13;q22)/ETV6-RUNX1

“…К наиболее типичным иммунофенотипическим маркерам,характеризующимгруппупациентовсна-личиемтранслокацииt(12;21)(p13;q22)/ETV6-RUNX1, чащевсегоотносятотсутствиеэкспрессииCD9,CD20, CD66c [13][14][15][16][17],несколькореже-высокуюэкспрессию CD10 [31],СD40 [32],CD135 [31]иHLA-DR [31,32], а также низкую экспрессию CD20 [13] и CD86 [32], коэкспрессию миелоидных антигенов CD13, СD33, CDw65 [5].Втожевремянаиболееубедительновыглядят результаты другого исследования, указывающиенато,чтоэкспрессияCD27иотсутствие/слабая экспрессияCD44специфичныдляслучаевсналичием транслокацииt(12;21)(p13;q22)/ETV6-RUNX1 [18,19]. Однакодалеконевсеэтиантигеныиспользуются дляпервичнойдиагностикиострыхлейкозов.Поэтомунамибылапредпринятапопыткаохарактеризовать иммунофенотип на основании имеющихся в нашем распоряжениисведений,полученныхвходеприменениястандартнойдиагностическойпанели.Намибыли Таблица 3.…”

“…Несмотрянавышеупомянутыенедостатки,представляетсяинтереснымиважнымрасширитьиспользуемуюдиагностическуюпанель,включиввнееCD27, CD44,СD9и,возможно,ряддругихмаркеров,атакже применятьнекачественное,аколичественное(оценка MFI) исследование экспрессии всех антигенов, втомчислеисиспользованиемматематическихметодов анализа [33]. Это даст более детальный ответ на вопрос, можно ли точно предсказывать наличие транслокацииt(12;21)(p13;q22), однакопотребуетсущественнобольшейстандартизациипроведенияпроточнойцитометрии.Вслучаеуспехастанетвозможным выделение не только ETV6-RUNX1-положительных, ноиETV6-RUNX1-подобныхпациентов [18].…”

“…Ранее неоднократно предпринимались попытки найтииммунофенотипическиемаркеры,ассоциированные с наличием данной транслокации для того, чтобы проводить прицельный поиск транслокации t(12;21)(p13;q22)/ETV6-RUNX1.Наиболееубедительныеданныеполученыдляиммунофенотипа,соответствующего ОЛЛ из В-линейных предшественников (ВП-ОЛЛ)сэкспрессиейCD27,отсутствиеми/илисла-бойэкспрессиейCD44,атакжесотсутствиемэкспрес-сииCD20,CD9,CD66c [13][14][15][16][17][18][19].Однаковышеперечисленныемаркеры,кромеCD20,редкоиспользуются на этапе первичного иммунофенотипирования при установлениидиагнозаОЛЛ.Поэтомунамибылпредпринятпоискиммунофенотипическихкритериев,применяемыхв общепринятойдиагностической панели [20,21],дляпрогнозированияналичиятранслокации t(12;21)(p13;q22)/ETV6-RUNX1.…”