Introducción. Meloidogyne es un géne[1]ro de nematodos fitoparásitos de importancia agrícola mundial. La diagnosis correcta de estas debe incluir el uso de diferentes herramientas de identificación, ya que representa muchas especies. Objetivo. Identificar morfológica y molecularmente una población de Meloidogyne asociada a una parcela de papaya (Carica papaya L.) en Costa Rica. Materiales y métodos. En abril de 2015, en el cantón de Pococí-Limón, se detectaron agallas en el sistema radical de una plantación de papaya. Se recolectaron raíces agalladas y se extrajeron hembras, masas de huevos y juveniles (J2 ) de Meloidogyne sp. Se examinaron patrones perineales de hembras, así como su taxonomía. Los estadios juveniles se identificaron morfológica y molecularmente mediante PCR-RFLP. Se amplificó una región intergénica del genoma mitocondrial (COII/16S) con los imprimadores C2F3 y 1108 y se generaron productos de PCR de 1,7 kb. Resultados. Al tratar los productos de PCR con endonucleasas, se produjeron tres fragmentos, uno de 1000, 460 y 250 pb con la enzima AluI, cinco fragmentos, uno de 660, 600, 150, 105 y 85 pb con la enzima DraI y no hubo corte del producto PCR con la enzima HinfI, es decir, fue de 1,7 pb. Por medio de las técnicas se logró la caracterización de Meloidogyne javanica asociada al sistema radical del cultivo. Conclusión. La correcta identificación de una especie de nematodo es primordial para evitar su propagación a otros sitios donde aún no está presente y es un aspecto relevante para conocer cuáles de esas especies están asociadas a un determinado cultivo, para definir estrategias de combate.