Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia)

Abstract

RESUMENLos potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro lotes de S. phureja cv. Criolla-Colombia ubicados en el oriente de Antioquia, analizando la cápside viral mediante RT-PCR/secuenciación Sanger y secuenciación de nueva generación (NGS) para S. tuberosum. Los resultados indicaron la ocurrencia de los potyvirus PVY y PVV en las muestras de S. tuberosum y S. phureja, respectivamente; siendo detectadas mediante cebadores específicos la presencia de tres diferentes cepas de PVY (PVY N , PVY NTN y PVY O ) en la región de estudio. Este hallazgo fue confirmado por NGS, obteniendo las secuencias completas de los genomas de estas tres cepas, lo que representa el primer reporte de PVY O en Colombia. Por su parte, los análisis de secuencias de la región CP de PVV indicaron niveles de identidad superiores a 99% con respecto a aislamientos del linaje PVV Phu reportado previamente en Antioquia. Estos hallazgos evidencian la necesidad de ajustar los sistemas de detección de virus en los programas de certificación de tubérculo-semilla de papa adelantados en el país.Palabras clave: Potyviridae, secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phureja, Solanum tuberosum, virus de plantas. ABSTRACTPotyviruses are one of the most limiting viruses for the potato (Solanum tuberosum and S. phureja) production worldwide, being PVY, PVV and PVA the most prevalent species. In this work, we tested the presence of these viruses in four commercial S. tuberosum cv. Diacol-Capiro and S. phureja cv. Criolla-Colombia plots in eastern Antioquia using RT-PCR and Sanger sequencing of the coat protein (CP) region, as well as next generation sequencing (NGS) for S. tuberosum samples. Our results revealed the presence of a PVV strain infecting S. phureja with high sequence identity (>99%) to lineage PVV Phu previously reported in Antioquia. Three strains of PVY (PVY N , PVY NTN and PVY O ) were found to infect S. tuberosum. The presence of these three PVY strains was confirmed by NGS, allowing the assembly of their complete genomes. This is the first report of the full genome sequence of PVY o strain in Colombia. These findings highlight the need to adjust the tuber-seed certification programs currently implemented in the country.

Presence of Potyvirus in the Norte de Santander department and molecular characterization of NIb protein in Colombian SCMV isolates

“…In Colombia, studies have been carried out to characterize or identify potyvirus associated with different crops such as tree tomatoes and potatoes in the Department of Antioquia, which found the PYV (Ayala et al, 2010;Gutiérrez and Marín, 2018). On the other hand, SCMV (Sugarcane mosaic virus) has been reported as infecting unconventional hosts such as african oil palm (Elaeis guineensis) and achira (Canna edulis Ker.…”

“…In Colombia, this potyvirus has been reported in crops such as the tree tomato (Ayala et al, 2010), papaya (Chaves-Bedoya andOrtiz-Rojas, 2015;Ortiz-Rojas and Chaves-Bedoya, 2017), potato (Riascos et al, 2017) and recently pepper (Rivera-Toro et al, 2021). Breeding programs need to know which viral agents, such as potyviruses, are present in the field.…”

Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (<i>Solanum tuberosum</i> subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia)

“…95 % se agruparon las secuencias de los aislamientos 27ABR (MK544861), 28ABR (MK544862) y 73SE (MK544865). Estas secuencias presentaron niveles de identidad del 99 % con secuencias de PVY previamente depositadas por Muñoz et al, (2016) y Riascos et al, (2018) obtenidas en muestras de papa de Antioquia. Por otra parte, las secuencias de PVS fueron ubicadas en el clado correspondiente al linaje PVS A , compartiendo un nivel de identidad del 97 % con una cepa infectando papa criolla y otra recientemente reportada en tomate.…”

“…En los últimos años, se ha aumentado considerablemente la información sobre los virus que afectan diferentes solanáceas cultivadas en Colombia y están disponibles los genomas completos de cepas de las razas PVY O , PVY N y PVY NTN en papa (Villamil-Garzón et al, 2014;Muñoz et al, 2016;Medina et al, 2017;Riascos et al, 2018); de PYVV en papa criolla, tomate (S. lycopersicum) y lulo (S. quitoense) (Villamil-Garzón et al, 2014;Álvarez et al, 2017;Baena et al, 2017;Gallo et al, 2018); así como también de los linajes PVS A y PVS P en papa criolla (Gutiérrez et al, 2012;Vallejo et al, 2016), de PVX en uchuva (Physalis peruviana) y de PLRV en plantas voluntarias de papa (Medina et al, 2017).…”

Prevalencia de cinco virus de ARN en tubérculos-semilla de papa cultivados en Antioquia (Colombia)

“…En la actualidad, los virus que presentan mayor importancia económica para el cultivo de la papa incluyen: potato leafroll virus (PLRV), potato virus A (PVA), potato virus S (PVS), potato virus X (PVX) y potato virus Y (PVY) [5]. En Colombia se han registrado como los virus de mayor importancia: PVY, PVS, PVX, PLRV, potato yellow vein virus (PYVV) y potato mop-top virus (PMTV) [6,7,8,9,10]. Adicionalmente, es frecuente el reporte de infecciones mixtas entre PVY, PVS, PLRV y PYVV [10].…”