La micobacteriosis es una patología causada por micobacterias conocidas como atípicas (MA) o no MT (MNT), de complejo diagnóstico y tratamiento. De las casi 200 especies descriptas, alrededor de 25 son las más comúnmente involucradas como agentes infecciosos oportunistas. La aparición del VIH y los tratamientos estéticos invasivos, propiciaron su manifestación como enfermedad emergente en los últimos años. Se determinó la frecuencia de aislamiento de micobacterias atípicas en muestras clínicas y cepas ingresadas al Laboratorio Central de Salud Pública entre los años 2010 y 2013. De 2765 cultivos positivos para micobacterias, 171 aislamientos correspondían a micobacterias atípicas, las que fueron identificadas por la técnica molecular PRA-hsp65 (PCR Restriction Analysis-hsp65), y por secuenciación de los genes 16S rRNA, hsp-65 y rpo ? en los aislamientos que no pudieron identificarse por PRA-hsp65. La frecuencia total de aislamientos fue del 6,2%, correspondiendo a la siguiente distribución: M. intracellulare 25,9%, M. avium 25,9%, M. abscessus 13,3% y M. fortuitum 12,7%; el 17,1% restante involucra a 14 especies diferentes; y en 9 casos (5,1%) no se llegó a identificación. Fueron mayormente aisladas en muestras de origen pulmonar (88,9%); en la adultez (32,2%) y tercera edad (26,9%); en el sexo masculino (62,6%); así como en pacientes PVVS (12,3%). Los resultados obtenidos coinciden con las publicaciones regionales en cuanto a especies más frecuentemente aisladas, y coinfección con VIH. En cuanto al origen de la muestra, edad y sexo no existe un consenso general de relación con estas variables en las publicaciones.