IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF CARMOVIRUS ON CARNATION (Dianthus caryophyllus L.) IN WEST JAVA, INDONESIA

Diningsih, Erniawati; Suastika, Gede; Damayanti, Tri Asmira; Susanto, Slamet

doi:10.17503/agrivita-2015-37-2-p108-114

Cited by 3 publications

(1 citation statement)

References 10 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Infeksi virus pada tanaman anyelir dapat menyebabkan kehilangan hasil dan penurunan kualitas bunga secara signifikan (Mangal et al 2004). Di Jawa Barat, dari 403 sampel anyelir yang dikumpulkan dari lima lokasi pertanaman anyelir, 336 sampel (83%) ditemukan terinfeksi CarMV (Diningsih et al 2015).…”

unclassified

Deteksi Cepat Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir (Dianthus caryophyllus L.)

Diningsih¹,

Suastika²,

Damayanti³

et al. 2017

J.Hort

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

ABSTRAK.Carnation mottle virus (CarMV) merupakan virus penting pada tanaman anyelir di dunia, termasuk di Indonesia. Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau tanaman induk anyelir bebas virus. Tujuan penelitian adalah mengevaluasi tiga metode preparasi RNA total yang mudah dan cepat dari tanaman anyelir sebagai template one step RT-PCR. Sumber RNA total berasal dari daun dan batang anyelir yang terinfeksi CarMV. Metode yang dievaluasi, yaitu simple direct method (SDT), simple extraction method (SEM), dan kit komersial sebagai pembanding. Optimasi dilakukan terhadap konsentrasi akhir primer (0,4 -1,0 µM) dan MgCl 2 (1,5 dan 2,0 mM). Metode SDT dan SEM berhasil mendapat RNA total dari sampel daun maupun batang. Hasil yang didapat dengan metode SDT dan SEM sebanding dengan kit komersial. One step RT-PCR RNA total yang digabungkan dengan metode SDT dan SEM menghasilkan intensitas DNA yang sebanding dengan kit komersial. RNA total dari daun sebagai sumber templat one step RT-PCR lebih baik dibandingkan batang. Preparasi RNA total dengan metode SDT dan SEM merupakan metode cepat, mudah, dan murah dalam menyediakan templat one step RT-PCR. Konsentrasi primer 0,4 µM dan MgCl 2 2 mM merupakan konsentrasi optimum dan mendapatkan hasil amplifikasi terbaik. Kata kunci: Carmovirus; Simple extraction method (SEM); Simple direct tube (SDT); One step RT-PCR ABSTRACT. Carnation mottle virus (CarMV) is an important virus on carnation plants in the world, including in Indonesia.A rapid and easy virus detection is necessary to monitor the source of virus free carnation mother plant. The aim of the research was to evaluate three methods of rapid and easy total RNA preparation from carnation plants as template of one step RT-PCR. The total RNA source is from the CarMV infected leaf and stem of carnations. The evaluated method namely simple direct method (SDT), simple extraction method (SEM), and commercial kit as comparison. Optimization was performed to a final concentration of premiere (0.4 -1.0 µM) and MgCl 2 (1.5 and 2.0 mM). SDT and SEM method successfully obtained a total RNA from both leaves and stems samples. The obtained success by the SDT and SEM methods were comparable with these of commercial kit. One step RT-PCR of total RNA combined with SDT and SEM methods produced DNA intensity comparable with commercial kits. Total RNA from leaves known to be the best source of one step RT-PCR template compared to these from stem. Total RNA preparation by SDT and SEM method is a method of quick, easy, and inexpensive to provide a template one step RT-PCR. Premiere and MgCl 2 concentration of 0.4 μM and 2 mM, respectively were optimum concentration and produced best amplification result.

show abstract

unclassified