Identification and Molecular Characterization of Odontoglosum Ringspot Virus (ORSV) from Bogor, Indonesia

Lakani, Irwan; Suastika, Gede; Mattjik, Nurhajati; Damayanti, Tri Asmira

doi:10.4308/hjb.17.2.101

Cited by 10 publications

(14 citation statements)

References 6 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Anggrek dilaporkan dapat terinfeksi 50 jenis virus (Zettler et al 1990;Chang et al 2005;Navalinskiene et al 2005). Beberapa virus yang dilaporkan menginfeksi anggrek dan memiliki penyebaran luas di Indonesia ialah Odontoglossum ringspot virus (ORSV) (Inouye dan Gara 1996;Isnawati 2009;Syahierah 2010;Lakani et al 2010;Kumalawati et al 2011;Mahfut et al 2016), Cymbidum mosaic virus (CymMV) (Inouye dan Gara 1996;Menisa 2009;Kumalawati et al 2011;Lakani 2011), Cucumber mosaic virus (CMV) dan Potyvirus (Lakani 2011). ORSV merupakan virus yang dominan menginfeksi pertanaman anggrek di dunia (Ali et al 2014;Sudha dan Rani 2015).…”

Section: Pendahuluanunclassified

See 1 more Smart Citation

Deteksi Odontoglossum ringspot virus pada Anggrek Asli Koleksi Kebun Raya di Indonesia

Mahfut

Daryono

Somowiyarjo

2017

J Fitopatol Indones

View full text Add to dashboard Cite

ABSTRAKAnggrek asli merupakan salah satu kekayaan flora asli Indonesia yang memiliki peran penting sebagai induk persilangan dalam pemuliaan tanaman anggrek. Infeksi virus menjadi salah satu faktor pembatas dalam budi daya anggrek. Penelitian bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi Odontoglossum ringspot virus (ORSV) yang menginfeksi anggrek asli. Sampel dikoleksi dari tanaman bergejala asal 5 kebun raya di Indonesia, yaitu Bogor, Cibodas, Purwodadi, Balikpapan, dan Enrekang. Deteksi dan identifikasi dilakukan secara serologi menggunakan antiserum spesifik ORSV, dilanjutkan dengan metode reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), dan perunutan DNA. Uji serologi menunjukkan 5 sampel bereaksi positif terhadap antiserum ORSV, yaitu pada Phalaenopsis amboinensis (KRB2) dan Phalaenopsis amabilis (KRB12) dari Kebun Raya Bogor, Phalaenopsis amabilis (KRP18) dan Dendrobium salacence (KRP20) dari Kebun Raya Purwodadi, dan Phalaenopsis modesta J. J. Sm. (KRBp5) dari Kebun Raya Balikpapan. Deteksi asam nukleat 5 sampel tersebut dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik gen coat protein ORSV menghasilkan fragmen DNA berukuran ± 474 pb. Analisis homologi 5 isolat ORSV tersebut menunjukkan nilai indeks similaritas (IS) sebesar 99.8% dengan 14 isolat ORSV lain. Analisis filogenetika menunjukkan isolat KRB2 dan isolat KRP18 berada dalam satu kelompok dan terpisah dengan isolat ORSV dari negara-negara lain. Ini adalah laporan pertama adanya infeksi ORSV pada anggrek asli koleksi 5 kebun raya di Indonesia. Kata kunci: analisis filogenetika, homologi, serologi, RT-PCR ABSTRACTNative orchid is one of Indonesian natural resources which play important role as parental materials in breeding program. Virus infection is one of the limiting factors in the cultivation of orchid. The purpose of this study was to detect Odontoglossum ringspot virus (ORSV) from native orchid. Symptomatic orchids were collected from 5 botanical gardens, i.e. Bogor, Cibodas, Purwodadi, Balikpapan, and Enrekang Botanical Gardens. Detection and identification was conducted by serological method using ORSV specific antisera, followed by RT-PCR and DNA sequencing. The serological test showed that 5 samples gave positive reaction against ORSV antiserum, i.e. Phalaenopsis amboinensis (KRB2) and Phalaenopsis amabilis (KRB12) from Bogor Botanical Garden, Phalaenopsis amabilis (KRP18) and Dendrobium salacence (KRP20) from Purwodadi Botanical Garden, dan Phalaenopsis modesta J. J. Sm. (KRBp5) from Balikpapan Botanical Garden. RT-PCR of the 5 samples using specific primer of ORSV coat protein gene was successfully amplified fragment DNA with size ± 474 bp. Homology analysis of those 5 ORSV isolates showed the highest index similiarity of 99

show abstract

Section: Pendahuluanunclassified

“…Mutasi nukeotida selanjutnya menyebabkan perubahan asam amino yang terbentuk dalam susunan genom virus. Perubahan asam amino tersebut akan mengubah fungsi gen yang disusun sehingga infektivitasnya juga berubah (Lakani et al 2010).…”

Section: Pembahasanunclassified

Deteksi Odontoglossum ringspot virus pada Anggrek Asli Koleksi Kebun Raya di Indonesia

Mahfut

Daryono

Somowiyarjo

2017

J Fitopatol Indones

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Penelitian mengenai infeksi ORSV di Indonesia sampai saat ini masih sedikit sekali. Sebelumnya penelitian serupa juga berhasil dilakukan di Indonesia (Isnawati, 2009;Syahierah, 2010;Lakani et al, 2010) tetapi hanya terbatas pada anggrek hibrida saja.…”

Section: Pengantarunclassified

“…Di Indonesia, ORSV dilaporkan telah menginfeksi 8 genus anggrek yaitu: Grammatophyllum (Syahierah, 2010), Dendrobium (Syahierah, 2010;Lakani et al, 2010), Phalaenopsis (Inouye & Gara, 1996;Syahierah, 2010), Bulbophylum, Calanthe, Cattleya, Oncidium, (Inouye & Gara, 1996), dan Coelogyne (Syahierah, 2010). Hal ini menjelaskan bahwa anggrek-anggrek di Indonesia sudah saatnya mendapat perhatian terhadap adanya infeksi ORSV, terlebih pada anggrek Phalaenopsissp.…”

Section: Uji Serologisunclassified

SURVEI Odontoglossum ringspot virus (ORSV) YANG MENGINFEKSI ANGGREK ALAM TROPIS DI INDONESIA (SURVEY ON THE OCCURRENCE OF Odontoglossum ringspot virus (ORSV) INFECTING NATURE TROPICAL ORCHIDS IN INDONESIA)

Mahfut

Daryono

Joko

et al. 2017

JPTI

View full text Add to dashboard Cite

Natural orchids are one of the important ornamental plants that were cultivated in tropical countries, including Indonesia. Virus infections has been important limiting factor in orchids cultivation it was concluded that Phalaenopsis is orchids genus which is the most abundantly and susceptibly infected by ORSV. The results proved that ORSV have entered and spread widely by infected orchids in orchids landscape (nursery), semi-natural forests (botanical gardens), and natural forest (national park) throughout Indonesia. This is the first report of ORSV infecting natural tropical orchids in Indonesia.Keywords: DAS-ELISA, Indonesia, nature tropical orchids, ORSV INTISARIAnggrek alam merupakan salah satu kekayaan flora asli negara tropis, termasuk Indonesia. Keberadaan di habitat aslinya sudah sangat berkurang yang disebabkan kerusakan hutan dan adanya penyakit. Infeksi virus masih menjadi faktor pembatas terpenting dalam budidaya dan pengembangan potensi anggrek alam. Odontoglossum ringspot virus (ORSV) adalah salah satu jenis virus yang dilaporkan paling banyak menginfeksi anggrek serta memiliki penyebaran yang luas di dunia. Selama 2010-2014 telah dilakukan survei lapangan terhadap infeksi virus di Indonesia. Beberapa anggrek yang ditemukan terinfeksi oleh virus menunjukkan gejala berupa mosaik, belang, klorosis, nekrosis, streak, daun layu, dan bercak cincin pada permukaan daun. Deteksi dengan uji serologis DAS-ELISA menunjukkan bahwa 11 dari 125 sampel terinfeksi oleh ORSV dengan total kejadian 8,8%. Masing-masing sembilan dari total sampel daun terinfeksi merupakan Phalaenopsis sp. Hal ini menjelaskan bahwa Phalaenopsis adalah genus anggrek yang paling cocok dan rentan terhadap infeksi ORSV. Hasil penelitian survei kejadian infeksi Odontoglossum ringspot virus (ORSV) membuktikan bahwa virus ini telah masuk dan menyebar secara luas oleh anggrek-anggrek alam tropis yang terinfeksi di pertamanan anggrek (nurseri), hutan semi-alami (kebun raya), dan hutan alam (taman nasional) di seluruh wilayah Indonesia. Ini merupakan laporan pertama mengenai infeksi ORSV terhadap anggrek-anggrek alam tropis di Indonesia.Kata kunci: anggrek alam tropis, DAS-ELISA, Indonesia, ORSV

show abstract

“…Selain tanaman anggrek, CymMV juga dilaporkan menginfeksi tanaman vanili (Grisoni et al, 2004). Di Indonesia, CymMV telah dilaporkan menginfeksi tanaman anggrek (Lakani et al, 2010). Namun demikian, infeksi CymMV pada tanaman nilam belum pernah dilaporkan.…”

Section: Cymbidium Mosaic Virusunclassified

Identifikasi Molekuler Broad Bean Wilt Virus 2 (Bbwv2) Dan Cymbidium Mosaic Virus (Cymmv) Asal Tanaman Nilam (Pogostemon Cablin Benth.)

Miftakhurohmah

Suastika

Damayanti

et al. 2016

JURNAL HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN TROPIKA

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Molecular identification Broad Bean Wilt Virus 2 (BBWV2) and Cymbidium Mosaic Virus (CymMV) from patchouli plant (Pogostemon cablin Benth.). Several viruses have been reported to be associated with mosaic disease on patchouli plant in Indonesia. This study aims to identify the two viruses in patchouli cultivation in West Java by studying the molecular characterization. Mosaic symptomatic leaf samples taken from patchouli cultivation in Manoko (Bandung Barat District, West Java Province). RNA extraction was performed using Xprep Plant RNA mini kit. RNA amplification with RT-PCR technique using primers for the cp gene region of BBWV2 and CymMV. The PCR product was sent to PT. Science Genetics Indonesia to do sequencing, then analyzed nucleotide sequences. Results of RT-PCR were performed successfully obtained DNA bands with size accordance with the predictions of the primer design for BBWV2 and CymMV cp region. Further, based on nucleotide and amino acid sequence analyses, the two virus isolates were confirmed as BBWV2 and CymMV respectively. Phylogenetic analyses revealed that BBWV2 Manoko clustered with BBWV2 from Singapore (original host of Brazilian red-cloak), China (pepper) and South Korea (chili). Whereas, CymMV Manoko become one cluster with CymMV from India (Phaius sp.), Indonesia (Dendrobium), China (vanilla), Thailand (Oncidium), Hawai (Dendrobium) and South Korea (Cymbidium).

show abstract

Identification and Molecular Characterization of Odontoglosum Ringspot Virus (ORSV) from Bogor, Indonesia

Cited by 10 publications

References 6 publications

Deteksi Odontoglossum ringspot virus pada Anggrek Asli Koleksi Kebun Raya di Indonesia

Deteksi Odontoglossum ringspot virus pada Anggrek Asli Koleksi Kebun Raya di Indonesia

SURVEI Odontoglossum ringspot virus (ORSV) YANG MENGINFEKSI ANGGREK ALAM TROPIS DI INDONESIA (SURVEY ON THE OCCURRENCE OF Odontoglossum ringspot virus (ORSV) INFECTING NATURE TROPICAL ORCHIDS IN INDONESIA)

Identifikasi Molekuler Broad Bean Wilt Virus 2 (Bbwv2) Dan Cymbidium Mosaic Virus (Cymmv) Asal Tanaman Nilam (Pogostemon Cablin Benth.)

Contact Info

Product

Resources

About