O estudo da microestrutura dos pelos pode ser aplicado em diversas áreas, como: zoologia, ecologia, ciências forenses, arqueologia, epidemiologia e paleontologia, além de ser uma ferramenta útil e importante na identificação das espécies de mamíferos. O objetivo do presente estudo foi analisar os padrões da microestrutura cuticular dos pelos de 68 espécies de morcegos ocorrentes no Brasil. Foram coletados pelos do dorso de espécimes depositados em coleção científica (via úmida). Posteriormente esses pelos foram prensados em lâminas para microscopia junto a uma fina camada de esmalte incolor, com o objetivo de marcar a impressão cuticular, que foi observada em microscópio óptico e comparada com literatura específica. As impressões cuticulares foram classificadas em oito padrões morfológicos: (1) folidáceo estreito, (2) conoidal liso, (3) conoidal contínuo liso, (4) conoidal ornamentado largo, (5) conoidal ornamentado descontínuo, (6) conoidal ornamentado dentado, (7) conoidal liso com bráctea e (8) ondeado oblíquo. Foi possível a diferenciação em nível de Família ou Subfamília. A partir da morfologia cuticular dos pelos foi construída uma chave para identificação de pelos de morcegos até o nível de família ou Subfamília (no caso de Phyllostomidae).