Identification of Protein-Coding Regions in DNA Sequences Using A Time-Frequency Filtering Approach

Sahu, Sitanshu Sekhar; Panda, Ganapati

doi:10.1016/s1672-0229(11)60007-7

Cited by 47 publications

(28 citation statements)

References 29 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Sitanshu Sekhar [1] Many indication dispensation tools and techniques have been successfully useful to identify tasks, but still need to improve this direction. In this paper, we present another promising model-free time-recurrence sifting technique based on S-change for precise acknowledgment of coding districts.…”

Section: Litrature Surveymentioning

confidence: 99%

Coding and functional defect region prediction of placental protein in an embryo cell of first trimester using ANN approach

Nair¹,

Reghunath²

2018

IJET

View full text Add to dashboard Cite

The protein coding and functional regions in DNA sequences has become an exciting task in bioinformatics. In particular, the coding region has a 3-base periodicity, which helps for exon identification. Many signal processing tools and techniques have been successfully applied to identify tasks, but still need to be improved in this direction. In our work, we employ ANN classifier to predict coding and functional region of protein in human embryo cell protein in first trimester, and evaluate their performances according to the comparison energy levels of coding region. The obtained from the threshold energy level, results show that in a box plot finally predict the mutation.

show abstract

Section: Litrature Surveymentioning

confidence: 99%

Coding and functional defect region prediction of placental protein in an embryo cell of first trimester using ANN approach

Nair¹,

Reghunath²

2018

IJET

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…3-periyotlu olmasının sebebi aminoasit üreten kodonların 3 baz uzunluğunda olmasıdır. DFT, Fourier dönüşümünün eşit aralıklı frekanslardaki örneklerine özdeştir [39][40][41][42].…”

Section: Ayrık Fourier Dönüşümü Yöntemi (Discrete Fourier Transform Munclassified

Sayisal Hari̇talama Tekni̇kleri̇ Ve Fourier Dönüşümü Kullanilarak Dna Di̇zi̇li̇mleri̇ni̇n Siniflandirilmasi

Daş¹,

Türkoğlu²

2016

Gazi Üniversitesi Mühendislik-Mimarlık Fakültesi Dergisi

View full text Add to dashboard Cite

Sayısal haritalama tekniklerinin performanslarının karşılaştırılması  DNA dizilimlerinin ekson ve intron olarak sınıflandırılması  Pencereleme fonksiyonlarının sınıflandırma performansına etkisi Makale Bilgileri ÖZET Geliş: 12.06.2015 Kabul: 04.08.2016 DOI: Bir DNA dizilimindeki bazların oluşturdukları kombinasyonlar, o DNA dizilimindeki bir gene karşılık gelir, bu genlerden de RNA kopya dizilimleri çıkarılır. Kopyalanan bu RNA'lar oluşurken genin baz dizilimi baştan sona tümüyle okunmaz. Genlerin okunmayan ve kodlanmayan bölümüne intron, kodlanan kısımlarına ise ekson denir. Bir DNA dizilimindeki protein nerede, ne kadar kodlanır? Büyüme ve gelişme nerede düzenlenir? Kök hücreler nerede başka hücreye dönüştürülür? Tüm bu soruların cevabı ve kanser gibi genetik hastalıkların araştırılması DNA dizilimlerinin ekson ve intron olarak sınıflandırmasıyla mümkündür. Çalışmanın amacı, DNA diziliminin ekson ve intron olarak sınıflandırılmasında farklı sayısal haritalama tekniklerinin performanslarını karşılaştırmaktır. Bu amaç doğrultusunda insan türünün MEFV genine ait DNA dizilimleri, 9 farklı haritalama tekniği ile sayısal dizilere dönüştürülmüştür. Dönüştürülen sayısal dizilerin sınıflandırılmasında Ayrık Fourier Dönüşümü yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntemde 4 farklı pencereleme fonksiyonu kullanılmış, sınıflandırma başarımları karşılaştırılmıştır. Ayrıca Fourier tabanlı yöntemle elde edilen sonuçlar, Destek Vektör Makineleri ve K-en yakın komşu algoritması gibi makine öğrenme tabanlı yöntemlerle karşılaştırılmıştır. İnteger haritalama tekniği Ayrık Fourier Dönüşümü yönteminde %96,2 ile diğer makine öğrenme yöntemlerine göre en yüksek sınıflandırma başarımı sağlamıştır. Hamming pencereleme fonksiyonunda sınıflandırma başarısı diğer pencereleme fonksiyonlarından daha yüksek çıkmıştır.

show abstract

“…In addition to digital filter-based approaches for periodicity detection [34,35], some statistical properties [36,37] are often integrated into signal processing methods for detecting the regularities in genetic codes (e.g., codon useage, hexamer counters, codon position asymmetry, different periodicities, autocorrelations, nucleotide frequencies, entropy measures, and so forth).…”

Section: Fourier Transform and Digital Signal Processingmentioning

confidence: 99%

A Comprehensive Review of Emerging Computational Methods for Gene Identification

2016

J Inf Process Syst

View full text Add to dashboard Cite

Gene identification is at the center of genomic studies. Although the first phase of the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has been claimed to be complete, the annotation of the functional elements is far from being so. Computational methods in gene identification continue to play important roles in this area and other relevant issues. So far, a lot of work has been performed on this area, and a plethora of computational methods and avenues have been developed. Many review papers have summarized these methods and other related work. However, most of them focus on the methodologies from a particular aspect or perspective. Different from these existing bodies of research, this paper aims to comprehensively summarize the mainstream computational methods in gene identification and tries to provide a short but concise technical reference for future studies. Moreover, this review sheds light on the emerging trends and cutting-edge techniques that are believed to be capable of leading the research on this field in the future.

show abstract

Identification of Protein-Coding Regions in DNA Sequences Using A Time-Frequency Filtering Approach

Cited by 47 publications

References 29 publications

Coding and functional defect region prediction of placental protein in an embryo cell of first trimester using ANN approach

Coding and functional defect region prediction of placental protein in an embryo cell of first trimester using ANN approach

Sayisal Hari̇talama Tekni̇kleri̇ Ve Fourier Dönüşümü Kullanilarak Dna Di̇zi̇li̇mleri̇ni̇n Siniflandirilmasi

A Comprehensive Review of Emerging Computational Methods for Gene Identification

Contact Info

Product

Resources

About