En Colombia, cerca de un tercio del área nacional sembrada de cebolla de rama está concentrada en la cuenca del lago de Tota (departamento de Boyacá). A pesar de los esfuerzos gubernamentales en promover las buenas prácticas agrícolas (BPA), el manejo del cultivo se continúa realizando bajo el sistema convencional, basado en la siembra intensiva del monocultivo varietal, el uso elevado de agroquímicos y el uso de materia orgánica sin compostar. El análisis de la sostenibilidad de los sistemas productivos cobra mayor relevancia en escenarios como la cuenca del lago de Tota, que además de ofrecer la mayor producción de cebolla de rama del país, cuenta a su vez con ecosistemas estratégicos proveedores de servicios ecosistémicos para actores locales, regionales y nacionales. El estudio tuvo como objetivo evaluar la sostenibilidad en el sistema productivo de cebolla de rama a partir de 25 indicadores ambientales, socioeconómicos y de gobernanza, estimados a través de entrevistas estructuradas a productores de cebolla con certificación vigente en BPA, certificación vencida e interesados en certificarse. Los resultados señalan que contar con la certificación vigente incrementa el número de indicadores de sostenibilidad con puntuación elevada. Sin embargo, 12 de los 25 indicadores presentaron en los tres grupos una valoración de intermedia a baja, indicando que producir con BPA es diferente a producir sosteniblemente; de modo particular, en el componente ambiental se identificaron grandes diferencias. Se resalta por tanto la relevancia de identificar nuevos caminos, concomitantes a las BPA, para avanzar hacia la sostenibilidad del cultivo, así como la necesidad de consolidar un mercado para los productos que cuenten con certificaciones orientadas hacia este propósito. Es crucial el creciente interés de un importante grupo de productores de la zona en adoptar la certificación, aunada a compromisos éticos para alcanzar procesos de reconversión productiva del cultivo estudiado hacia la sostenibilidad, con base en las BPA.