Identifikasi Mikroba yang Koeksis Dengan Ascidia Lissoclinum patella Menggunakan Sekuens Gen 16S rRNA

Untu, Patricia; Rumengan, Inneke F. M.; Ginting, Elvy Like

doi:10.35800/jplt.3.2.2015.10110

Cited by 4 publications

(9 citation statements)

References 2 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Proses sekuensing ini dilakukan oleh perusahaan penyedia jasa bidang genetik First Base Laboratories, Malaysia. Penjajaran dua arah (bi-direksional) memiliki keuntungan, dimana sekuens DNA dapat saling mengkoreksi dengan sekuens komplementernya apabila terdapat kesalahan jika DNA tidak dapat dibaca (Untu et al, 2015). Selanjutnya Format FASTA pada penelitian ini sudah dilakukan oleh perusahaan First Base Laboratories, Malaysia dan memiliki pasang basa sebanyak 658, seperti yang tampak pada Gambar 4.…”

Section: Analisis Morfologiunclassified

Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City

Siahaan¹,

Paransa

Paulus

et al. 2023

JIS

View full text Add to dashboard Cite

This study examines the morphology and biomolecules of the Atergatis floridus crab found in the Intertidal Zone of the Minanga Beach, Manado City. Species identification was carried out by morphological and biomolecular analysis of DNA barcoding using the COI gene. Samples were collected in February and the isolation stage was in March 2022. The method used was the roaming method, namely exploring the research location to catch samples of crabs on the coast and catching crabs directly using hands protected with gloves and a flashlight for lighting. The morphological characters of concern are the shape of the carapace color and the anterior, posterior and abdominal characters. Furthermore, muscle tissue samples were taken from the crab claws for DNA isolation and sequencing processes at the company's first base laboratories, Malaysia. Based on the results of the research, samples that have been studied morphologically and sequenced show that 99.70% of the species are Atergatis floridus. Keywords: Atergatis floridus; DNA barcode; Manado City; morphology Morfologi dan Biomolekuler Kepiting Atergatis floridus di Zona Intertidal Pesisir Pantai Minanga, Kota Manado ABSTRAK Studi ini menelaah morfologi dan biomolekuler kepiting Atergatis floridus yang terdapat di Zona Intertidal Pesisir Pantai Minanga, Kota Manado. Identifikasi spesies dilakukan dengan pendekatan analasis morfologi dan biomolekuler DNA barcoding menggunakan Gen COI. Sampel dikoleksi pada bulan Februari dan tahapan isolasi pada bulan Maret 2022. Metode yang digunakan adalah metode jelajah, yakni menjelajahi lokasi penelitian untuk menangkap sampel kepiting di pesisir pantai dan penangkapan kepiting secara langsung menggunakan tangan yang dilindungi dengan sarung tangan dan senter untuk penerangan. Karakter morfologi yang menjadi perhatian adalah bentuk warna karapas dan karakter anterior, posterior dan abdomen. Selanjutnya diambil sampel jaringan otot pada bagian capit kepiting untuk dilakukan isolasi DNA dan proses sekuensing pada perusahaan first base laboratories, Malaysia. Berdasarkan hasil penelitian sampel yang telah ditelaah secara morfologi dan disekuens menunjukkan bahwa 99.70% spesies tersebut adalah Atergatis floridus. Kata kunci: Atergatis floridus; DNA barkoding; Kota Manado; morfologi

show abstract

Section: Analisis Morfologiunclassified

Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City

Siahaan¹,

Paransa

Paulus

et al. 2023

JIS

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Sulawesi Utara merupakan salah satu provinsi yang terletak di pusat segitiga karang dengan keanekaragaman hayati yang tinggi. Ascidia merupakan salah satu golongan avertebra laut yang sering ditemukan di sekitar terumbu karang dan termasuk dalam kelompok tunikata laut (Untu et al, 2015). Selain ascidia, terdapat juga biota laut lain yang hidup di terumbu karang dan memiliki kemiripan dengan ascidia, yaitu spons (Ngantung et al, 2016).…”

Section: Pendahuluanunclassified

“…Jenis-jenis ascidia dan mikroba yang berasosiasi dengannya di perairan Teluk Manado telah dikaji antara lain oleh Malintoi et al (2020), dan mikroba yang berasosiasi dengan ascidia Lissoclinum patella oleh Untu et al (2015), dan Rumengan et al (2021). Namun mikroba fotosintetik yang berasosiasi dengan ascidia selain L. patella, belum pernah diidentifikasi jenisnya.…”

Section: Pendahuluanunclassified

Identifikasi Molekuler Spesies Mikroba Fotosintetik Yang Berasosiasi Dengan Ascidiacea Di Teluk Manado

Angkouw,

Rumengan,

Rimper

et al. 2023

JPLT

View full text Add to dashboard Cite

The objective of this study was to molecularly determine the microbial species. The isolation of microbes from their hosts was conducted by squeezing the tissues that contain green suspension. The suspension was then kept in a freezer until DNA isolation. DNA isolation was performed with standard procedur, following with PCR amplification using universal primer pair for 16S rRNA gene. PCR products were then sequenced, and the results was aligned with the relevant data in NCBI (National Center for Biotechnological Information) web using BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Among the five ascidian species, only one species, Diplosoma virens that its microbial suspension with sample identity, E1 was molecularly identified. PCR product of its 16S rRNA gene was 1150 bp in length. Alignment of this sequence with the relevant sequences in NCBI using BLAST resulted in the range of similarity of 99.40 – 100% with the 16S rRNA sequences of 17 samples described as Prochloron sp., where their hosts were of different species and from different locations, except for sample with accession number of MT 254065. This sample was described as Prochloron didemni IMFR-1 in NCBI was originated from Lissoclinum patella in Manado Bay. However, the 16S rRNA sequence of E1 sample of this study was 100% similarity with the Uncultured Prochloron sp. clone E11-016 that was from different species of host and location. Therefore, Prochloron didemni was non obligate symbiont microbe that could associate with different ascidian species. Keywords: Ascidian, Microbe, 16S rRNA, Prochloron sp. ABSTRAKTujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mikroba secara molekuler. Isolasi mikroba dari inang ascidia dilakukan dengan cara memencet jaringan inang yang berisi suspensi warna hijau. Suspensi yang diperoleh, disimpan beku sampai saatnya isolasi DNA. Isolasi DNA dengan prosedur standar, kemudian diamplifikasi menggunakan primer gen 16S rRNA. Produk PCR kemudian disekuens, dan hasil sekuensnya diselaraskan menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang ada di di laman NCBI (National Center for Biotechnological Information). Dari 5 jenis ascidia yang diisolasi mikrobanya, ternyata hanya suspensi dari Diplosoma virens dengan identitas sampel E1 yang teridentifikasi secara molekuler. Produk PCR ini berukuran 1150 bp yang hasil sekuensnya ketika dicocokkan menggunakan BLAST pada data sejenis di NCBI, mempunyai kemiripan 99,40 – 100% dengan sekuens gen yang sama pada 17 sampel yang terdeskripsikan sebagai Prochloron sp. di NCBI dengan inang dan lokasi yang berbeda dengan penelitian ini, kecuali sampel dengan aksesi MT 254065. Sampel ini terdeskripsi sebagai Prochloron didemni IMFR-1 yang sampelnya diisolasi dari ascidia Lissoclinum patella dari lokasi yang sama dengan penelitian ini. Namun sampel E1 justru mirip 100% dengan Uncultured Prochloron sp. clone E11-016 yang diisolasi dari inang dan lokasi berbeda. Jadi Prochloron didemni merupakan mikroba simbion non obligate yang dapat berasosiasi dengan jenis-jenis inang yang berbeda. Kata Kunci: Ascidia, Mikroba,16S rRNA, Prochloron sp.

show abstract

“…Beberapa penelitian dilakukan dengan gen penyandi yaitu Gen 16S rRNA untuk meneliti bakteri yang hidup di perairan malalayang, Sulawesi Utara. Salah satu contohnya penelitian yang dilakukan Untu et al (2015) untuk mendapakan salah satu bakteri pada tubuh organisme invertebrate laut. Hasil penelitian tersebut mendapati kemiripan mikroba 99%.…”

Section: Bidang Perikanan Dan Kelautanunclassified

“…Hasil penelitian tersebut mendapati kemiripan mikroba 99%. Untuk kemiripannya sendiri diperoleh dari nilai total dari jumlah basa mikroba pada GenBank dibagi dengan total jumlah basa yang sama dengan sampel mikroba (Untu et al, 2015).…”

Section: Bidang Perikanan Dan Kelautanunclassified

PEMANFAATAN GEN 16S rRNA SEBAGAI PERANGKAT IDENTIFIKASI BAKTERI UNTUK PENELITIAN-PENELITIAN DI INDONESIA

Akihary¹,

Kolondam²

2020

PHA

View full text Add to dashboard Cite

The 16S rRNA gene has hyper variable region and different for one bacterial species to another. The gene is being used as research tool to help for accurate identification of bacteria in many fields in Indonesia. As a useful tool, the 16S rRNA gene sequence is important as to explore the potencies of a bacterial species. Sequencing of this gene is very useful for research in clinical study, fisheries, marine science, agricultural science, and animal husbandry in Indonesia. Keywords: 16S rRNA gene, research tool, bacteria, Indonesia ABSTRAKGen 16S rRNA memiliki region yang sangat bervariasi dan berbeda setiap spesies bakteri. Penggunaannya sebagai perangkat penelitian, gen 16S rRNA telah banyak membantu dalam proses identifikasi berbagai jenis bakteri secara akurat untuk berbagai penelitian di Indonesia. Gen 16S rRNA tidak hanya dapat mengidentifikasi tetapi dapat dijadikan arahan dalam mengetahui potensi suatu bakteri. Sekuensing gen 16S rRNA telah digunakan secara luas untuk penelitian di bidang klinis, perikanan, kelautan, pertanian dan peternakan di Indonesia.Kata Kunci: Gen 16S rRNA, perangkat penelitian, Bakteri, Indonesia.

show abstract

Identifikasi Mikroba yang Koeksis Dengan Ascidia Lissoclinum patella Menggunakan Sekuens Gen 16S rRNA

Cited by 4 publications

References 2 publications

Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City

Morphological and Biomolecular of the Atergatis floridus Crab in the Intertidal Zone of the Minanga Coast, Manado City

Identifikasi Molekuler Spesies Mikroba Fotosintetik Yang Berasosiasi Dengan Ascidiacea Di Teluk Manado

PEMANFAATAN GEN 16S rRNA SEBAGAI PERANGKAT IDENTIFIKASI BAKTERI UNTUK PENELITIAN-PENELITIAN DI INDONESIA

Contact Info

Product

Resources

About