Identifikasi Scatophagus argus yang dipasarkan di Jakarta berdasarkan Analisis Morfologi dan DNA Barcoding

Abstract

Species list of economical fish landed in Muara Baru Modern Fish Market, Jakarta needs to be examined. Fish species information needs to know the species of fish being traded. However, many species are difficult to identify morphologically. The aim of this research was to identify fish based on their morphological characters and DNA barcoding. The methods of this research were morphologic, morphometric, and molecular identification with DNA barcoding using PCR. Morphological analysis results showed that fish samples have unique characteristics in the presence of spots on their bodies and fading in the abdomen. Morphometric observations were made with 19 different characters and weight measurements. The 19 fish characters observed have a standard deviation of <1, mean that the fish samples taken have a size that was not much different. A comparison ratio of 18 morphometric characters to total length (PT) showed variable results. Genetic analysis of the fish studied had the Max Score and Total Score was same, 1201, Query Coverage was 95%, and Ident was 100%. Based on morphological analysis and DNA barcoding used by fish species identified as Scatophagus argus species. Both methods were successfully carried out and the two methods complement each other to identify fish species correctly and accurately. Jumlah ikan ekonomis yang banyak diperjualbelikan di Pasar Muara Baru, Jakarta perlu dilakukan penelitian. Informasi spesies ikan perlu diketahui untuk mengetahui jenis ikan yang diperjualbelikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi morfologi ikan dengan pendekatan studi morfometrik dan DNA barcoding. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu pengamatan morfologi dan pengukuran morfometri serta identifikasi molekuler dengan DNA barcoding menggunakan PCR. Hasil analisis morfologi menunjukkan bahwa sampel ikan memiliki karakteristik yang unik dengan adanya corak totol di seluruh tubuhnya dan memudar di bagian perut. Pengamatan morfometrik dilakukan dengan 19 karakter yang berbeda serta pengukuran berat. 19 karakter ikan yang diamati memiliki standar deviasi yang <1, artinya sampel ikan yang terambil memiliki ukuran yang tidak jauh berbeda. Rasio perbandingan 18 karakter morfometri terhadap panjang total (PT) menunjukkan hasil yang bervariasi. Analisis genetik dari ikan yang diteliti memiliki Max Score dan Total Score sama yaitu 1201 dengan Query Coverage 95%, dan Ident 100%. Berdasarkan analisis morfologi dan DNA barcoding yang digunakan spesies ikan teridenfikasi spesies Scatophagus argus. Kedua metode tersebut berhasil dilakukan dan kedua metode tersebut saling melengkapi untuk melakukan identifikasi spesies ikan secara tepat dan akurat.

Penentuan Jenis dan Status Konservasi Pari Layang-Layang yang Didaratkan Di TPI Gunung Lingkas Kota Tarakan Dengan Pendekatan Molekuler

“…Sekuen mtDNA target diamplifikasi menggunakan thermal cycle (Agilent Surecycler 8800) dengan kondisi reaksi sebagai berikut 1 siklus predenaturasi pada suhu 95 ºC selama 1 menit, 35 siklus untuk (masing-masing) denaturasi pada suhu 95 ºC selama 15 detik, annealing pada suhu 52 ºC selama 15 detik elongasi pada suhu 72 ºC selama 45 detik, dan 1 siklus perpanjangan akhir pada suhu 72 ºC selama 2 menit kemudian didiamkan pada suhu 4 ºC selama 5 menit. Metode elektroforesis gel agarosa 1% b/v digunakan untuk menentukan keberhasilan reaksi PCR dengan mengambil 3 µL sampel hasil PCR dan 3 µL DNA ladder (marker) 100 pb dimasukkan ke dalam sumur yang terbentuk dari sisir dan dijalankan dalam buffer TBE (Tris-Boric Acid-EDTA) 1x pada tegangan 120 V selama 20 menit yang dilanjutkan dengan visualisasi pada alat UV Transiluminator (Gel Doc) [13].…”