IMGT/GeneInfo: enhancing V(D)J recombination database accessibility

Baum, Thierry-Pascal; Pasqual, Nicolas; Thuderoz, Florence; Hierle, Vivien; Chaume, Denys; Lefranc, Marie‐Paule; Jouvin‐Marche, Evelyne; Marche, Patrice-Noël; Demongeot, Jacques

doi:10.1093/nar/gkh041

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“…They allow one to view genes in a locus (IMGT/GeneView, IMGT/LocusView), to search for clones (IMGT/CloneSearch), to search for genes in a locus based on IMGT gene names, functionality, or localization on the chromosome (IMGT/GeneSearch, IMGT/GeneInfo) (Baum et al 2004(Baum et al , 2006, to identify and describe IG and TR genes in large genomic sequences (IMGT/LIGMotif) (Lane et al 2010), or to provide a graphical representation of the numbers of available sequences containing rearranged IG and TR genes (IMGT/ GeneFrequency).…”

Section: Genomic Approachmentioning

confidence: 99%

IMGT, the International ImMunoGeneTics Information System

Lefranc¹

2011

Cold Spring Harb Protoc

301

326

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INTRODUCTIONIMGT, the international ImMunoGeneTics information system (http://www.imgt.org), created in 1989 by the Laboratoire d’ImmunoGénétique Moléculaire LIGM (Université Montpellier 2 and CNRS, Montpellier, France), is the global reference in immunogenetics and immunoinformatics. IMGT-ONTOLOGY concepts, generated from the Formal IMGT-ONTOLOGY or IMGT-Kaleidoscope axioms, have allowed us to set up the IMGT Scientific chart rules and to standardize and manage the complexity of immunogenetics data. IMGT is a high-quality integrated knowledge resource specializing in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), and major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, proteins of the immunoglobulin superfamily (IgSF) and MH superfamily (MhSF), related proteins of the immune systems (RPI) of vertebrates and invertebrates, therapeutic monoclonal antibodies (mAb), and fusion proteins for immune applications (FPIA). IMGT provides a common access to standardized data from genome, proteome, genetics, and three-dimensional (3D) structures. IMGT consists of databases, interactive online tools, and Web resources.

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Section: Genomic Approachmentioning

confidence: 99%

IMGT, the International ImMunoGeneTics Information System

Lefranc¹

2011

Cold Spring Harb Protoc

301

326

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“…The IMGT unique numbering is used (i) for the annotation of sequences, genes, and structures in the IMGT databases: IMGT/LIGM-DB , IMGT/CLL-DB (Brochet 2008), IMGT/ GENE-DB (Giudicelli et al 2005), IMGT/2Dstructure-DB and IMGT/3Dstructure-DB Ehrenmann et al 2010b), (ii) for the analysis of sequences and structures in the IMGT online tools: IMGT/V-QUEST Brochet et al 2008;Giudicelli and Lefranc 2009), IMGT/JunctionAnalysis (Yousfi Monod et al 2004;Bleakley et al 2006), IMGT/HighV-QUEST (Alamyar et al 2010), IMGT/Phylogene (Elemento and Lefranc 2003), IMGT/GeneInfo (Baum et al 2004(Baum et al , 2006, IMGT/LIGMotif (Lane et al 2010), IMGT/DomainGapAlign, IMGT/DomainDisplay and IMGT/Collier de Perles (Ehrenmann et al 2010b), and (iii) in the data management of the IMGT knowledge web resources: IMGT Protein displays, IMGT Alignments of alleles, IMGT As a major IMGT-ONTOLOGY concept of numerotation, the IMGT unique numbering is used, with the IMGT-ONTOLOGY concepts of classification (From IMGT-ONTOLOGY CLASSIFICATION Axiom to IMGT Standardized Gene and Allele Nomenclature: For Immunoglobulins (IG) and T Cell Receptors (TR) [Lefranc 2011d]) and concepts of description (From IMGT-ONTOLOGY DESCRIPTION Axiom to…”

Section: Bridging the Gap Between Immunogenetics And Systems Biologymentioning

confidence: 99%

IMGT Unique Numbering for the Variable (V), Constant (C), and Groove (G) Domains of IG, TR, MH, IgSF, and MhSF

Lefranc¹

2011

Cold Spring Harb Protoc

147

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INTRODUCTIONThe “IMGT unique numbering” (or “IMGT_unique_numbering”) concept is a major concept of numerotation (generated from the NUMEROTATION axiom) of IMGT-ONTOLOGY, the global reference in immunogenetics and immunoinformatics, built by IMGT, the international ImMunoGeneTics information system. The “IMGT unique numbering” concept, described here, allows one to number domain types that are characteristic of protein superfamilies, whatever the species, the molecule type or the chain type. Three leafconcepts (a leafconcept is a concept that corresponds to the finest level of granularity) have been defined, respectively, for the variable (V) domain and constant (C) domain of the immunoglobulin superfamily (IgSF) and for the groove (G) domain of the major histocompatibility (MH) superfamily (MhSF). The IMGT unique numbering concept has been a great breakthrough in immunogenetics and systems biology in allowing, for the first time, the bridging of the gap between amino acid (and nucleotide) sequences of any V, C, or G domain and their two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) structures. The IMGT unique numbering concept has been fundamental in the creation of the IMGT Collier de Perles and in the standardization of the description of mutations, amino acid changes, polymorphisms, and contact analysis in the IMGT databases, tools, and web resources.

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“…Toute perte d'intégrité de ce dernier sera détectée par comparaison avec un matériel immun normal, décrit, dans sa variabilité statistique, par les mécanismes et les résultats des réarrangements les plus probables du chromosome 14. Cette description est accessible en interrogeant la base de référence mondiale IMGT (Figure 9) [31,32] et permet la construction de systèmes dynamiques complexes gouvernant par exemple l'activation des lymphocytes T [33]. …”

Section: Applications De La Biologie Des Systèmes En Immunologie Médiunclassified

Biologie des systèmes et applications médicales

Demongeot

2009

Med Sci (Paris)

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L'évolution actuelle de la médecine moderne vers une médecine des « 4P », c'est-à-dire personnalisée, pré-ventive, plurielle (pluri-experte) et prédictive, passe par la mise en place d'un référentiel commun, à la fois référentiel temporel, mettant en correspondance le chronos des instruments d'observation, le kairos du temps biologique du malade et l'aion de la réflexion médicale (aion ou dasein, temps immanent, substrat de la psyché d'Aristote), mais également référentiel systémique, décrivant les différents systèmes impliqués dans une pathologie, dans la dynamique de leurs interactions, et enfin référentiel cognitif, inscrivant les différents savoirs médicaux (savoir encyclopédique d'une université médicale virtuelle, savoir statistique de bases de données patients et savoir expert de spé-cialistes) dans un même gisement, distribué et partagé, de connaissances en santé. Ce défi (harmoniser temps, systèmes et savoirs), la médecine moderne doit le relever, et munie de ce référentiel commun, elle pourra satisfaisaire à la fois les exigences d'atteinte du bien-être individuel de Panacea et du bon état sanitaire collectif d'Hygeia, les deux déesses grecques de la santé. Nous donnerons, dans la suite, des exemples qui s'inscrivent dans le paradigme des systèmes dynamiques complexes, cumulant les difficultés liées aux changements d'échelle et de temps, mais permettant d'interpréter, dans une méthodologie dite « biologie des systèmes », les comportements émergents de la morphogenèse physiologique dont la connaissance des mécanismes est indispensable à la compréhension de la dysgenèse pathologique. La temporalité de l'observation médicaleLa temporalité de l'observation médicale est essentiellement liée à la perception différentielle du temps par le patient et par le thérapeute. Le temps est en effet figé dans la médecine classique hippocratique qui observe le patient à travers le filtre du chronos (temps régulier d'une chronique). Hippocrate de Chios (460-370 av. J.-C.) fonda une école médicale à Epidaure (Figure 1) et remarqua qu'une maladie ne se déclarait pas brusquement, mais passait par différentes phases, aboutissant à une période dangereuse : la « crise ». Il nota que, dans l'évo-lution des maladies, surtout celles associées à une fièvre, les quatrième, onzième, quatorzième et vingtième jours étaient des jours particulièrement à risque de « crise ». Hérophile d'Alexandrie (331-250 av. J.-C.), éduqué par Praxagoras à Cos, a introduit le premier une notion du temps non chronologique, celle du kairos (temps opportun où un patient délivre un symptôme et consulte, et où un médecin l'observe), lié aux perceptions qu'a le malade de sa propre maladie et à la succession des sympômes qui en découle. Il travailla à Alexandrie sous Ptolémée I Soter (323-283) et Ptolémée II Philadelphe (283-246) et fut le premier à prendre conscience de la pulsation artérielle > Nous proposons, dans cet article, des exemples d'applications médicales de la biologie des systèmes, en rappelant d'abord la problématique temporelle de l'observatio...

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IMGT/GeneInfo: enhancing V(D)J recombination database accessibility

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IMGT, the International ImMunoGeneTics Information System

IMGT Unique Numbering for the Variable (V), Constant (C), and Groove (G) Domains of IG, TR, MH, IgSF, and MhSF

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