Introducción. El análisis de los costos derivados de las infecciones asociadas con la atención en salud representa un desafío para el sistema de salud en Colombia dados sus factores determinantes.Objetivo. Determinar los factores relacionados con el aumento y la variabilidad de los costos de la atención hospitalaria por las infecciones asociadas con la atención en salud en un hospital de cuarto nivel de Bogotá, entre el 2011 y el 2015.Materiales y métodos. Se analizaron los costos de la atención de 292 pacientes, los cuales se estimaron para cada una de las actividades realizadas desde el momento de sospechar el cuadro infeccioso hasta su resolución. Dichos costos se estandarizaron según el valor del manual tarifario del Instituto de Seguros Sociales, ajustándolos por el índice de precios al consumidor para salud hasta el año 2014. Se determinaron los factores relacionados con el aumento del costo del manejo mediante un modelo logístico condicional.Resultados. La estancia hospitalaria de nueve días o más antes de la infección, se asoció con el aumento del costo directo del manejo de las infecciones relacionadas con la atención en salud (odds ratio, OR=2,06; IC95% 1,11-3,63). El costo medio del manejo de las infecciones fue de COP $1.190.879. Los antibióticos representaron el 41 % del valor total del tratamiento, seguidos de los exámenes de laboratorio, con un costo equivalente al 13,5 %.Conclusión. Se encontró una relación entre el costo del manejo de las infecciones asociadas con la atención en salud y la estancia hospitalaria previa a su aparición. Los antecedentes patológicos de los pacientes no se relacionaron con el aumento de los costos.