As bacias dos rios Peruípe, Itanhém e Jucuruçu têm grande relevância para o abastecimento de diversos munícipios do Extremo Sul da Bahia. Portanto, monitorar e avaliar a qualidade dessas águas é fundamental para a gestão sustentável dos recursos hídricos dessa região. Nesse contexto, o presente trabalho objetivou avaliar a qualidade da água desses rios em 12 pontos de monitoramento situados em 8 munícipios. Para tanto, utilizou-se dados extraídos do Instituto do Meio Ambiente e Recursos Hídricos do Estado da Bahia (INEMA), dentre eles coliformes termotolerantes, clorofila-a, nitrato, nitrogênio, temperatura, salinidade, alcalinidade, sólidos dissolvidos totais, turbidez, potencial hidrogeniônico, oxigênio dissolvido, demanda bioquímica de oxigênio, demanda química de oxigênio, fósforo total e amônia, bem como o Índice de Qualidade da Água (IQA) entre 2009 e 2019. Os resultados obtidos foram comparados aos limites estabelecidos na Resolução CONAMA Nº 357 de 2005, tanto para as águas doces Classe 2 quanto salobras Classe 1 e faixas de IQA. Resultados de coliformes termotolerantes, sólidos dissolvidos totais, turbidez, potencial hidrogeniônico, oxigênio dissolvido, demanda bioquímica de oxigênio, fósforo total e amônia extrapolaram os padrões estabelecidos na resolução CONAMA Nº 357/2005, estando diretamente relacionados ao uso e ocupação do solo, sem o devido acompanhamento de infraestrutura básica e ausência de um esgotamento sanitário que atenda adequadamente às comunidades localizadas próximas às bacias hidrográficas. Os resultados do IQA nas três bacias variaram entre 56,3 e 72,1, o que indica que as águas podem ser classificadas como qualidade boa, apesar das alterações em alguns parâmetros.