Grâce aux méthodes de diagnostic actuelles, l'identification microbiologique des pneumonies communautaires graves (PCG) peut être établie dans la moitié des cas. Si les études épidémiologiques ont permis d'établir des recommandations préconisant l'antibiothérapie empirique à débuter, l'identification microbiologique du ou des pathogène(s) responsable(s) est nécessaire pour la conduite ultérieure du traitement. Les principaux examens à effectuer pour l'identification bactérienne sont la réalisation d'hémocultures, d'un examen cytobactériologique des sécrétions respiratoires et la recherche d'une antigénurie pneumococcique ou légionnelle. Les hémocultures sont positives dans 15 à 25 % des cas de PCG. L'examen cytobactériologique des crachats ou l'aspiration endotrachéale, chez le patient intubé, aide au diagnostic sous réserve que le prélèvement ne soit pas contaminé par la flore oropharyngée. La positivité d'une antigénurie est également fonction de la sévérité de la pneumonie. Cet examen permet un diagnostic rapide et n'est pas influencé par une antibiothérapie préalable. Les virus à tropisme respiratoire seraient responsables de 10 à 40 % des PCG. En période épidémique, des prélèvements par écouvillonnage nasal à la recherche du virus influenza sont recommandés, en raison du bénéfice attendu avec l'instauration d'un traitement par oseltamivir. Les sérologies permettant de faire le diagnostic de pneumonie à germes intracellulaires ont peu d'intérêt aux urgences de même que la réalisation de prélèvements sous fibroscopie bronchique. Enfin, la recherche qualitative par reverse transcriptase (PCR) sérique présente peu d'intérêt pour le diagnostic de pneumonie bactérienne par rapport aux méthodes usuelles.