As plantas são amplamente utilizadas na medicina popular e apresentam os chamados constituintes bioativos, produzidos sob a forma de metabólitos secundários, capazes de desencadear efeitos farmacológico ou toxicológico no homem e nos animais. Annona squamosa, conhecida popularmente como fruta-do-conde, é empregada pela população na cura de doenças; possui amplo espectro nutricional e representa uma excelente fonte de diversas classes de constituintes bioativos, como alcaloides, terpenos, taninos, compostos fenólicos e acetogeninas. Apesar das atividades biológicas já descritas para essa planta, é necessária a investigação de extratos e/ou isolados a fim de verificar a genotoxicidade de extratos de frações obtidas a partir de sementes e pericarpo de A. squamosa na germinação de conídios de Aspergillus nidulans, utilizando como parâmetro a estimativa de mortos e malformados. Os resultados indicaram que a fração acetato de etila do pericarpo apresentou, em menores concentrações (2,5 e 25 μg.mL-1) efeitos pró-reparo, e antiapoptótico na maior concentração (250 μg.mL-1). A fração metanólica do extrato do pericarpo demonstrou efeito apoptótico, também em menores concentrações e efeito genotóxico na maior concentração. Quanto ao extrato das sementes, a fração acetato de etila também indicou ativação de apoptose em todas as concentrações, enquanto a fração metanólica apresentou efeito pró-reparo. A diversidade de bioatividades de frações dessa planta reflete a presença de inúmeras classes de metabólitos secundários que poderão atuar beneficamente na saúde humana. Portanto, o presente trabalho contribui na escolha de frações para futuro isolamento e identificação química de metabólitos com potencial medicinal.