A Baía Babitonga é considerada área prioritária para conservação e uso sustentável, de acordo com a Portaria MMA n.º 9, de janeiro de 2007, pois é local de reprodução, alimentação e crescimento de espécies protegidas e espécies ameaçadas de extinção e abriga uma das maiores florestas remanescentes de manguezais da América do Sul. Este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de reconstrução ambiental do Canal do Linguado, buscando gerar subsídios para tomada de decisão pelos órgãos competentes quanto à abertura do Canal do Linguado. Foram analisados os níveis de arsênio (As), cádmio (Cd), cromo (Cr), cobre (Cu), níquel (Ni), chumbo (Pb) e zinco (Zn) em conjunto com a geocronologia atual, obtida a partir das atividades dos radionuclídeos 210Pb, utilizando o modelo CRS (Constant Rate of Supply). Os resultados obtidos nos quatro testemunhos analisados mostraram que as variações de metais nos perfis muito provavelmente ocorreram em consequência da ação de fechamento do Canal do Linguado na década de 1930, que modificou a hidrodinâmica de sedimentação da região. Conclui-se que as concentrações de metais encontradas estão abaixo dos valores nível 1 definidos pela Resolução Conama 454/2012. Os resultados fornecem um diagnóstico da qualidade do sedimento atual, possibilitando uma melhor compreensão do histórico ambiental da Baía Babitonga, a fim de balizar as próximas ações nesse ecossistema.