Con este trabajo se buscó apoyar microempresas industriales del sector cacaotero, que carecían de herramientas de gestión de procesos administrativos y de producción. En consecuencia, el objetivo de la investigación fue desarrollar un modelo de diagnóstico para la transformación organizacional y productiva de mipymes con base en metodologías para realizar diagnósticos, características y estructura, como insumos para generar una versión inicial del modelo. Con este propósito, se identificaron modelos ajustados a la realidad de las mipymes del sector alimentario y se consolidaron variables comunes entre ellos para generar atributos. Se diseñó el modelo teórico basado en un enfoque de gestión, ajustado a la realidad del entorno. Se estableció un plan de trabajo que involucró visitas empresariales, para presentación y realimentación del modelo, a fin de recopilar información útil para ajustar y consolidar el modelo de datos. Con este insumo, e identificando requerimientos para definir rutas de transformación basadas en la autoevaluación y la planificación controlada, se construyó un aplicativo para el diagnóstico organizacional y de intervención para la transformación organizacional. Se tabuló la información usando el software de autodiagnóstico para la administración y calidad organizacional de mipymes productoras de alimentos (MQO v1.0–UNAD). Este aplicativo web, desarrollado por los autores, se concibió para su diseño con un enfoque de investigación cuantitativo, fue aplicado y validado y obtuvo resultados relevantes para conocer el estado de macroprocesos de apoyo, misionales y estratégicos, que generan planes de acción para mejorar indicadores de gestión.