Встановлено, що біомаса фітопланктону варіює від 0,21 мг/дм 3 (жовтень) до 1,04 мг/дм 3 (червень), а чисельність -від 714 тис. кл/дм 3 (жовтень) до 3424 тис. кл/дм 3 (серпень). Індекс Шеннона змінюється за біомасою від 3,97 біт/мг до 4,80 біт/мг, а за чисельністювід 3,15 біт/екз до 4,74 біт/екз. У річці переважає полідомінантна структура фітопланктону. За індексом сапробності (1,55-2,04) вода р. Стубелка змінюється від α-олігосапробної до β-мезосапробної зони та відповідає ІІ-ІІІ класам якості (чиста, помірно забруднена). Ядро фітопланктону р. Стубелка формують бентосні та планктонно-бентосні види, повільнотекучі за насиченням води киснем і реофільністю, індиференти за відношенням до галобності та температури води. Переважають індиференти та алкаліфіли за відношенням до рН. Виявлено найбільшу кількість видів-автотрофів, що витримують підвищені концентрації нітрогенвмісних органічних сполук. За рівнем трофності мезоевтрофні види становлять 41%. Види-індикатори органічного забруднення води (за системою Ватанабе) переважно представлені еврисапробами (помірно забруднені води), а за системою Пантле-Бук (в модифікації Сладечека) найбільша кількість бета-мезосапробіонтів. Встановлено, що вода р. Стубелка за рівнем органічного забруднення згідно системи Пантле-Бук (в модифікації Сладечека) належить до ІІІ класу якості (помірно забруднена).