RESUMO Objetivo: comparar o polimorfismo dos genes Glutationa S-transferase teta 1 (GSTT1) e Glutationa S-transferase mu 1 (GSTM1) da área do tumor com as margens proximal e distal de espécimes de estômago ressecados de pacientes com câncer gástrico, e investigar a presença do DNA do vírus Epstein-Barr (EBV) e Helicobacter pylori. Métodos: coletamos prospectivamente amostras teciduais da área do tumor e das margens de ressecção proximal e distal dos estômagos de dez pacientes com adenocarcinoma gástrico submetidos à gastrectomia com linfadenectomia D2 e submetemos esses espécimes à extração de DNA. Comparamos a área do tumor com as margens proximal e distal dos estômagos ressecados para o polimorfismo dos genes GSTT1 e GSTM1 e investigamos a presença de DNA do EBV e H. pylori. Utilizamos o exon 5 do gene p53 como controle interno da reação de PCR multiplex. Resultados: em um paciente, detectamos genótipos GSTT1 e GSTM1 nulos na área do tumor, em contraste com a presença de ambos os genes nas margens proximal e distal. Encontramos DNA do EBV e H. pylori na área do tumor e também nas margens proximal e distal. Em outro paciente, a margem proximal foi negativa para GSTT1 e o DNA do EBV foi negativo na margem distal. Em três pacientes, o EBV-DNA foi negativo apenas na margem distal. Conclusão: este é o primeiro relato em que diferentes genótipos, infecção por EBV-DNA e H. pylori foram observados no mesmo paciente, indicando provável deleção desses genes em resposta à progressão tumoral e heterogeneidade intratumoral.