O objetivo da presente investigação foi analisar o efeito de dois diferentes tipos de periodização (ondulatória e linear) sobre o desempenho de nadadores. Trinta e nove jovens nadadores do sexo masculino foram selecionados de forma não probabilística e divididos proporcionalmente e randomicamente em dois grupos: periodização ondulatória (PO, n=19) e periodização linear (PL, n=20). Os nadadores foram submetidos a 8 semanas de treinamento físico/técnico. O desempenho nas provas de 50 e 100 m livre foi avaliado por meio de placas eletrônicas antes e após o período de treinamento. Conduziu-se a análise multivariada de medidas repetidas para comparar o desempenho (50 e 100 m livre) em função do grupo (PO e PL) e momento (pré e pós-treinamento). Foi identificado efeito de interação grupo vs. tempo (p<0,01) para o desempenho nos 50 m livre, com melhora no PO (∆%=-1,87; p=0,01; d=0,7) emanutenção no PL (∆%=-0,37; p=0,38; d=0,2). Achados similares foram revelados para os 100 m livre, com melhora no grupo PO (∆%=-1,85; p=0,01; d=0,9) e manutenção no grupo PL (∆%=-0,16; p=0,31; d=0,1). Concluiu-se que a periodização ondulatória foi mais eficiente para melhorar o desempenho de jovens nadadores quando comparada a periodização linear.