Introducción: este estudio buscó comparar la eficacia de dos diferentes sistemas de activación endodóntica en la eliminación de detritus de conductos mesiales de molares inferiores por tercios radiculares. Métodos: se prepararon los conductos mesiales de quince primeros molares inferiores humanas con limas, irrigadas con hipoclorito de sodio 2,5 % y EDTA 17 %, y divididas en 3 grupos (n=5) de acuerdo con el tipo de activación: Control: Activación con cono maestro, Ultrasonido: Irrigación ultrasónica (UI) y Ultra X: Irrigación ultrasónica pasiva (PIU). Las raíces fueron seccionadas en tercios (cervical, medio y apical), los conductos radiculares expuestos y preparados para microscopía electrónica de barrido. Se obtuvieron 135 microfotografías (3 microfotografías por cada nivel radicular). Para determinar qué sistema de activación fue más efectivo, todas las imágenes fueron evaluadas por 3 especialistas en endodoncia, previamente calibrados. Los datos fueron analizados con la prueba de Kuskall-Wallis (95 %). Resultados: el sistema PUI fue el más efectivo, seguido por UI y el control que fue el menos eficiente (p<0,001). Se encontraron diferencias significativas entre PUI y los otros sistemas en cada nivel radicular: coronal (p=0,013), medio (p=0,038) y apical (p=0,009). La limpieza de los conductos radiculares disminuyo de cervical a apical en todos los grupos, siendo el grupo UI el mostro un patrón de limpieza más regular en todos los niveles. Conclusión: el sistema PUI fue más eficaz, seguido del UI. La eficacia de los sistemas de activación utilizados disminuye conforme se incrementa la profundidad de trabajo.