RESUMO A produção de mudas de cebola na região do Alto Vale do Itajaí, SC ocorre predominantemente através de canteiros, onde as plantas ficam expostas aos fatores bióticos e abióticos que influenciam diretamente na sanidade foliar e no seu rendimento. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da cobertura dos canteiros com túnel baixo sobre o rendimento e a intensidade de doenças foliares. Os experimentos foram realizados nos anos de 2012 e 2013 no Instituto Federal Catarinense, Campus de Rio do Sul, SC. Os tratamentos foram com e sem o uso de túnel baixo. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com quatro repetições e dez plantas avaliadas em cada repetição. Os dados foram submetidos à análise de variância pelo teste F e se significativos comparados pelo teste de Tukey 5%. A massa fresca da parte aérea com o uso do túnel foram superiores em relação ao sistema convencional em 127,38% e 125,40% no ano de 2012 e 2013 respectivamente. Em 2012 ocorreu uma diferença de 42,88% na área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD) da queima das pontas e no ano de 2013 uma diferença de 87,27% e 85% na AACPD e severidade final respectivamente para o míldio. As mudas produzidas em canteiros com túnel baixo apresentaram superioridade no rendimento e sanidade foliar em relação às obtidas no sistema de produção convencional.