En la actualidad, el sistema penitenciario ecuatoriano atraviesa por una grave crisis, imposible de ser controlada, por lo que la presente investigación se enfoca en determinar las posibles causas de la crisis carcelaria e incidencia de la delincuencia organizada, en la provincia de Azuay, cantón Cuenca en el año 2021. Para ello se siguió el método cualitativo, utilizando doctrina, jurisprudencia, bases de datos científicos, recopilando información para determinar los problemas que adolece el sistema penitenciario y rehabilitación social del Ecuador. La revisión bibliográfica reveló que la crisis en las cárceles es efecto de los problemas políticos y falta de organización estructural – administrativa estatal, así como, de políticas jurídicas fallidas. Se determinó que la prisión preventiva es una medida cautelar de ultima ratio que no está siendo debidamente aplicada, ya que no se toman en cuenta medidas alternativas señaladas en la ley, especialmente en casos de delitos menores. Uno de los resultados más relevantes obtenidos, es que la violencia entre miembros de bandas delictivas en las cárceles se origina para obtener poder, imponiendo miedo y terror mediante la muerte violenta de reos de bandas contrarias. Finalmente, se concluye, que el Estado debe contar con estructuras penitenciarias mejor equipadas y organizadas, garantizando la seguridad y derechos a las personas privadas de la libertad; además, modificar las penas en delitos menores, aplicando medidas alternativas, también, respecto a lo que señala la ley penal, separar a reos de acuerdo con la gravedad del delito; así como mejorar el control interno, para evitar la conformación de mafias.