Little is known about reproductive biology of endangered Steindachneridion parahybae, a gonochoristic teleost species inhabiting the Paraíba do Sul River Basin, and herein is the first description of intersex in S. parahybae juvenile. The normal appearance of ovaries and testes in juvenile from the same lot of breeding were also described for comparison, even as cytogenetic analysis was performed in these juveniles. One specimen was a priori classified as female due to the macroscopic characteristic of ovaries, with small yellow oocytes, without fringes (a main characteristic of catfish male), and larger than testes; however the microscopic analysis revealed the presence of ovotestes, including the complete spermatogenesis. S. parahybae had diploid number, 2n = 56 chromosomes with no evidence of differentiated sex chromosomes or supernumerary chromosomes among them. These findings may be due to the result of exposure to endocrine disrupting compounds or may also be influenced by environmental conditions. The possibility of intersexes might also happen spontaneously and it cannot be ruled out. Therefore, the functional significance and reproductive consequences of this anomaly remain to be determined, suggesting that this species may be susceptible to endocrine disruption. These results contribute to gain expertise about reproductive biology of an endangered species in captivity.Poco se sabe sobre la biología reproductiva de Steindachneridion parahybae, una especie de teleósteo gonocorístico en peligro de extinción que habita la cuenca del río Paraíba do Sul y en éste trabajo se describe por primera vez la aparición de individuo intersexo en juvenil de S. parahybae. También se describió el aspecto normal de los ovarios y de los testículos de individuos juveniles procedentes del mismo lote de cría para su comparación; se realizó además el análisis citogenético. Un espécimen fue clasificado a priori como hembra debido a las características macroscópicas de los ovarios, con pequeños oocitos amarillos, sin flecos (característica principal de los bagres macho) y más grande que los testículos; sin embargo el análisis microscópico reveló la presencia de un ovotestis, incluyendo una espermatogénesis completa. S. parahybae presentó un número diploide, 2n = 56 cromosomas, sin evidencia de cromosomas sexuales diferenciados o supernumerarios entre ellos. Estos hallazgos pueden deberse al resultado de la exposición de los individuos a desorganizadores endocrinos o estar influenciados por las condiciones ambientales. Sin embargo no se puede descartar la posibilidad de la presencia de intersexos de forma espontánea. Por lo tanto, la importancia funcional y las consecuencias reproductivas de estas anomalías permanecen aún sin ser determinadas, sugiriendo que esta especie puede ser susceptible a los disruptores endocrinos. Estos resultados contribuyen a ampliar el conocimiento de la biología reproductiva de esta especie en peligro de extinción en condiciones de cautiverio.