O estudo avaliou a prevalência de diarreia em crianças menores de 60 meses, segundo o tipo de abastecimento de água utilizado. Foi conduzido estudo epidemiológico, seguindo o delineamento quase-experimental, com 664 crianças, sendo 332 moradoras de residência que têm cisterna e 332 que utilizam água de outra fonte. A variável dependente foi a ocorrência de diarreia nas últimas 72 horas; as outras informações foram obtidas por meio da aplicação de questionários estruturados. A prevalência total de diarreia foi de 5%, porém sem diferença significativa entre os grupos. As variáveis que explicaram a morbidade foram o grupo, a idade da criança, a ingestão de vitamina ou fortificante, e o local de descarte das fraldas sujas com fezes da criança. Não houve diferença significativa entre os grupos na avaliação da qualidade microbiológica da água, ou seja, o uso de água de chuva pode não ter proporcionado melhorias no acesso à água de melhor qualidade quando comparado com as outras fontes utilizadas. No entanto, há que se considerar falhas nos cuidados, no manuseio e no tratamento da água adotados. Destaca-se a necessidade de melhoria das práticas sanitárias da população do meio rural para que a higiene pessoal, domiciliar e em relação à água consumida sejam incorporadas como hábitos rotineiros.