Con el propósito de localizar refugios de murciélagos, identificar las especies que los habitan, su nicho trófico, describir el tipo de refugio y su entorno, desde el manglar hasta el bosque seco de la Reserva Ecológica Arenillas, en la provincia de El Oro, al suroeste del Ecuador, se realizaron cinco salidas de campo en cinco meses, de tres días cada una, con un esfuerzo de 120 horas/red. La búsqueda de refugios se hizo durante el día, mientras que durante la noche se establecieron seis puntos de muestreo con redes de neblina cerca de los refugios encontrados. Los murciélagos capturados en redes fueron identificados por medidas morfométricas, sexados y liberados en el sitio de muestreo. Se capturaron 122 individuos en los puntos de muestreo y en los refugios, más un individuo encontrado en la oficina de los guardaparques. Se identificaron ocho especies que pertenecen a cuatro gremios tróficos: nectarívoro, carnívoro, frugívoro e insectívoro. Las especies registradas en refugios naturales fueron tres: Glossophaga soricina, Carollia brevicauda y Vampyrum spectrum (Phyllostomidae). En refugios artificiales se registraron cinco especies: Glossophaga soricina, Artibeus fraterculus, Carollia brevicauda (Phyllostomidae), Molossus molossus (Molossidae) y Myotis nigricans (Vespertilionidae). Rhogeessa velilla y Sturnira bakeri no se observaron en ningún refugio. Se encontraron refugios compartidos entre A. fraterculus y G. soricina y entre C. brevicauda y G. soricina.