Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum

Abstract

Ao meu pai, Renato Nascimento Lorenzetti, e à minha mãe, Izolina Rodrigues de Lima, que sempre incentivaram meus estudos e me proporcionaram uma vida confortável para que eu pudesse chegar até aqui.À Katiuska Tuttis Rodrigues, que esteve ao meu lado e participou do meu cotidiano durante todos esses anos de pós-graduação. À Dr. a Tie Koide e ao Dr. Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio, pelo direcionamento científico e pelas incontáveis oportunidades de crescimento profissional que me deram desde que ingressei no doutorado. Ao Dr. Adrián López García de Lomana, pelos ensinamentos, pela hospitalidade e pela generosidade durante o meu período de estágio no exterior. Ao Dr. Nitin Baliga, por aceitar que eu fizesse parte de seu grupo de pesquisa no Institute for Systems Biology (ISB; Seattle, WA, EUA) durante o meu período de estágio no exterior, e por ceder tempo e recursos financeiros para o aperfeiçoamento deste estudo. Ao Dr. Robert Moritz e à Dr. a Ulrike Kusebauch, pelas oportunidades de colaboração e pela disponibilização dos dados de proteômica utilizados neste estudo. À Silvia Epifânio, à Min Pan e à Amardeep Kaur por todo o apoio técnico prestado durante o desenvolvimento deste estudo.

Discovery of transcription start, transcription termination and transcript processing sites in Halobacterium salinarum NRC-1 using dRNA-seq

“…Reads obtained were processed using a bioinformatics pipeline assembled from publicly available tools, specific for each point in the workflow, by our own group with the input of several PhD students and projects, including the preset one, but lead mainly by Dr Alan Lorenzetti as part of his PhD thesis at the USP Bioinformatics Grad Program (Lorenzetti, 2021). The pipeline, published not as a bioinformatics tool but rather as a mean to achieve the biological question answering in (Ten-Caten et al, 2018) was named Caloi-seq and it is mentioned many times throughout this and other PhD dissertations from our group.…”