Investigation of the effect for three SNP (1252 G>A, 2534 G>A, 2569 T>C) of MBL-1 gene on subclinic mastitis in Simmental cows

Abstract

Yapılan bu çalışmada Simental ırkı ineklerde subklinik mastitis ile mannoz bağlayıcı lektin-1 (Mannose-binding lectin- 1, MBL-1) geninde bulunan (1252 G>A, 2534 G>A, 2569 T>C) üç tek nükleotid polimorfizminin (Single nucleotide polymorphism, SNP) etkisinin lojistik regresyon analizi ile araştırılması amaçlandı. Çalışmanın materyalini hepsi ikinci laktasyonda olan 309 baş Simental ırkı inek oluşturdu. Çiftlik şartlarında elde edilen sütlerden Kaliforniya mastitis testi ile subklinik mastitis taraması yapıldı. Yine çiftlik şartlarında K3EDTA’lı tüplere alınan kanlardan fenol-kloroform- izoamil alkol yöntemi ile DNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen DNA’lar, MBL-1 geninde bulunan 1252 G>A, 2534 G>A, 2569 T>C kodlu üç SNP yönünden kesim enzimi uzunluğu polimorfizmi (Restriction fragment length polymorphism, RFLP) analizi ile genotiplendirildi. Populasyona ait genotipler Hardy-Weinberg ki-kare uyum iyiliği testi ile analiz edildi. İncelenen süt örneklerinden %37,5’inin CMT testi pozitif olarak belirlendi. Elde edilen CMT sonuçları ile SNP’lerin etki payları lojistik regresyon analizi ile incelendi. Örneklenen popülasyonda 2534 G>A SNP’si yönünden Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı gözlendi. Lojistik regresyon analizi sonunda incelenen Simental ırkı ineklerde subklinik mastitis üzerine bu üç SNP’nin etki paylarının istatistiksel olarak anlamlı olmadığı belirlendi. MBL-1 geninde bulunan üç SNP (1252 G>A, 2534 G>A, 2569 T>C) ile subklinik mastitis arasındaki ilişkinin aydınlatılması için farklı ırklarda benzer çalışmaların planlanmasının gerektiği kanaatine varıldı.