A pesar de existir una relativa homogeneidad en diferentes características de la región pampeana, el tipo de suelo podría determinar los usos posibles en cada zona, con impactos variables en la hidrología, la química del agua, la morfología de los cursos y la biodiversidad. En las reservas de biosfera resulta fundamental generar conocimiento que ayude a comprender la relación entre las actividades productivas desarrolladas y el estado de los ecosistemas. El objetivo de este trabajo es caracterizar las cuencas hidrográficas dentro de la reserva Parque Costero del Sur a fin de aportar al desarrollo de una interpretación conceptual del funcionamiento hidrológico en este territorio. Se estudiaron tres arroyos -Buñirigo, Juan Blanco y Villoldo- con diferentes grados de intervención antrópica. Para ello se caracterizaron morfométricamente sus cuencas, se generaron mapas de uso del suelo y se realizaron balances hídricos. Se llevaron a cabo dos campañas de muestreo de agua superficial y análisis de parámetros fisicoquímicos y microbiológicos. La diferencia en la concentración de estos parámetros entre campañas resultó significativa. En todos los casos, los valores de Conductividad Eléctrica (CE), turbidez y Demanda Química de Oxígeno (DQO) fueron mayores durante el período de déficit y los de Fósforo Reactivo Soluble (PRS) durante el período de exceso hídrico. En cambio, la asociación con la distribución espacial de los sitios de muestreo no reveló tendencias claras. Esta investigación podría resultar útil para la toma de decisiones relacionadas con la gestión del recurso hídrico, ya que ciertos parámetros exceden los límites establecidos localmente.