A Microbiologia é um tópico relevante na formação de qualquer indivíduo, pois, envolve questões básicas de cidadania, como higiene, meio ambiente, biotecnologia e saúde. No entanto, apesar da sua importância, a abordagem da Microbiologia é quase uma exclusividade do meio acadêmico e, embora esteja prevista no currículo da Educação Básica, muitas vezes é trabalhada de maneira superficial, teórica e abstrata. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi investigar as tendências de pesquisa no ensino de Microbiologia no Brasil, visando compreender as estratégias vigentes e discutir sobre novos caminhos a serem tomados para facilitar a aprendizagem desse conteúdo. Para isso, foram analisados 178 resumos publicados na seção “Ensino” do Congresso Brasileiro de Microbiologia, no período de 2009 a 2021. A análise dos resumos permitiu identificar que a maior parte desses corresponderam a trabalhos desenvolvidos por Instituições de Ensino Superior públicas, que relatam principalmente experiências com a Educação Básica. Os dados revelam um ensino de Microbiologia predominantemente prático, porém, com o currículo tradicional e, na maioria das vezes, desvinculado de questões de importância social. Embora este estudo revele o empenho de muitos profissionais em transformar o ensino de Microbiologia, ainda há muito em que se avançar para tornar essa ciência acessível a todos.