Fitoplankton adalah biota perairan yang mempunyai reaksi cepat terhadap perubahan kualitas air. Peningkatan aktivitas seperti wisata dan KJA di Waduk Cikoncang berpotensi mengakibatkan penurunan kualitas perairan. Fitoplankton merupakan bioindikator kualitas perairan, keanekaragaman fitoplankton dapat menggambarkan kondisi perairan. Tujuan dari penelitian untuk menganalisis keanekaragaman fitoplankton, kualitas air dan hubungan keanekaragaman dengan kualitas air Waduk Cikoncang. Penelitian dilaksanakan pada bulan Maret dan April 2023. Terdapat 5 Stasiun penelitian yang diambil berdasarkan metode purposive sampling. Keanekaragaman fitoplankton secara umum termasuk kedalam keanekaragaman yang sedang dengan komunitas yang stabil dan penyebaran individu tiap jenis yang sedang dengan kisaran nilai 1,857–2,122. Berdasarkan indeks saprobitas dapat diketahui bahwa perairan Waduk Cikoncang termasuk pada pencemaran sedang hingga ringan. Berdasarkan analisis PCA keanekaragaman memiliki hubungan positif atau berkorelasi dengan kecerahan, suhu, DO, pH, nitrat dan TDS.