Keterpautan 23 Marka Mikrosatelit pada Kromosom 6 dan 7 dengan Karakter Ketahanan Populasi Jagung terhadap Penyakit Bulai (Peronosclerospora maydis)

Abstract

Linkage of 23 Microsatellite Marker on Chromosome 6 and 7 to Downy Mildew Resistance on Maize. Roberdi, Hajrial Aswidinnoor, Asep Setiawan, Sutrisno, Marcia B. Pabendon, and M. Azrai. Downy mildew caused by Peronosclerospora is one of most important maize disease in several countries, including Indonesia. Parental and progenies selection based on conventional breeding is time consuming and laborious. Development of molecular biology produces many DNA markers used for selection, one of them is microsatellite. The aim of this research to identify microsatellite markers associated with downy mildew resistance on maize progeny MR-4 X AMATLCOHS-9-1-1-1-1-1-2-B, on chromosome 6 and 7. This research was consisted of two activities, phenotypic and genotypic analysis. Phenotypic analysis used 175 progenies BC 1 F 2 and both of parents. This analysis included planting of spreading row, inoculums preparation, inoculation of spreader rows, test material planting, inoculation of test material and observation. Genotypic analysis used 175 progenies BC 1 F 1 and both of parents. This analysis included DNA genome isolation, PCR analysis, electrophoresis, gel staining and data scoring. Percentage of downy mildew infections on MR-4 was 76%, while these on AMATLCOHS-9-1-1-1-1-1-2-B was 16%, and on 175 progenies had range from 10.1-100%. Out of 23 SSR, 12 markers could be mapped in chromosome 6 and 11 markers in chromosome 7. QTL analyses showed that chromosome 7 contain one QTL in position between phi082 and phi116I marker as far as 18.6 cM with 2.6 LOD value.

Penentuan Lokus Gen Dalam Kromosom Tanaman Dengan Bantuan Marka Dna

“…Di Indonesia, pembentukan peta genetik umumnya dilakukan untuk deteksi dan karakterisasi lokus yang mengendalikan karakter kuantitatif. Beberapa penelitian yang terkait dengan konstruksi peta genetik telah dilaporkan, antara lain pembentukan peta genetik bit gula (Setiawan 2001), jagung (Roberdi et al 2010), kedelai (Tasma et al 2011), dan padi (Lestari et al 2011). Pada pembentukan peta genetik bit gula, 226 lokus amplified fragment length polymorphism (AFLP) telah berhasil dipetakan pada sembilan kromosom (Setiawan 2001).…”

“…Panjang peta genetik bit gula yang dikonstruksi tersebut adalah 744 cM atau meliputi 70% genom bit gula dengan jarak rata-rata antarmarka 3,1 cM. Roberdi et al (2010) mendapatkan dua kelompok pautan marka SSR yang dikonstruksi dari 175 galur BC 1 F 1 hasil persilangan antara jagung kultivar MR-4 x AMATLCOHS-9-1-1-1-1-1-2-B. Kelompok pautan tersebut terdiri atas 12 marka SSR pada kromosom 6 dan 11 penanda SSR pada kromosom 7.…”

“…Jarak antarmarka SSR yang dipetakan masih tergolong agak jauh dengan kisaran 14,437,5 cM. Lebih lanjut, Roberdi et al (2010) melaporkan bahwa terbatasnya jumlah marka yang digunakan dalam konstruksi peta genetik menyebabkan jumlah peta pautan yang dapat dibentuk sedikit. Dalam pemetaan lokus yang terkait dengan karakter tahan bulai pada jagung, Roberdi et al (2010) menyatakan bahwa untuk mendapatkan peta genetik yang baik, jumlah primer yang tersebar pada seluruh kromosom jagung harus diperbanyak untuk mengisi posisi di antara primer yang telah digunakan pada pembentukan peta pautan sebelumnya.…”

“…Lebih lanjut, Roberdi et al (2010) melaporkan bahwa terbatasnya jumlah marka yang digunakan dalam konstruksi peta genetik menyebabkan jumlah peta pautan yang dapat dibentuk sedikit. Dalam pemetaan lokus yang terkait dengan karakter tahan bulai pada jagung, Roberdi et al (2010) menyatakan bahwa untuk mendapatkan peta genetik yang baik, jumlah primer yang tersebar pada seluruh kromosom jagung harus diperbanyak untuk mengisi posisi di antara primer yang telah digunakan pada pembentukan peta pautan sebelumnya. Tasma et al (2011) berhasil memetakan 119 dari 122 marka SSR pada delapan kromosom kedelai dengan jarak marka berkisar antara 2,230 cM dan jarak rata-rata antarmarka yang berdekatan 10,7 cM.…”

“…Tasma et al (2011) berhasil memetakan 119 dari 122 marka SSR pada delapan kromosom kedelai dengan jarak marka berkisar antara 2,230 cM dan jarak rata-rata antarmarka yang berdekatan 10,7 cM. Dibandingkan peta pautan marka DNA Roberdi et al (2010), peta pautan yang diperoleh Tasma et al (2011) lebih banyak dan kerapatan pautan marka DNA juga lebih baik. Hal ini karena jumlah marka SSR yang digunakan pada pembentukan peta genetik kedelai lebih banyak dibandingkan dengan yang digunakan pada konstruksi peta genetik jagung.…”