Kobalt(II) 4-Floro- ve 4-Bromobenzoat Nikotinamid Komplekslerinin Hirshfeld Yüzey Analizi, Etkileşim Enerjisi Hesaplamaları ve Koronavirüs Spike Proteini ile Etkileşimlerinin Moleküler Docking Çalışmaları ile İncelenmesi

Abstract

Bu çalışmada kristal yapıları önceki çalışmalarda belirlenmiş olan diaquabis(4florobenzoat)bis(nikotinamid) kobalt (II) ve diaquabis(4-bromobenzoat)bis (nikotinamid) kobalt (II) komplekslerinin moleküller arası etkileşimleri Hirshfeld Yüzey Analizi ile belirlenmiştir. Moleküller arası etkileşim katkı yüzdeleri iki boyutlu parmak izi grafiklerinden elde edilmiştir. Komplekslerin etkileşim enerjileri CrystalExplorer programı yardımıyla B3LYP/6-31G ve HF/3-21G temel setleri kullanarak belirlenmiştir. Komplekslerin elektrostatik potansiyel haritaları CrystalExplorer programı ile HF/STO-3G temel seti kullanarak oluşturulmuştur. Çalışmada ayrıca komplekslerin Koronavirüs spike proteini ve spike protein ile anjiyotensin dönüştürücü enzim 2 (ACE2) katalitik bağlanma bölgesindeki etkileşimleri Moleküler Docking yardımı ile incelenmiştir. Komplekslerin absorpsiyon, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite (ADMET) özelliklerine ilişkin tahminler SwissADME ve ProTox-II çevrimiçi veritabanları kullanılarak yapılmıştır. Hirshfeld yüzey analizi sonuçlarına göre komplekslerin Hirshfeld yüzeyinde H…H, H...C/C…H, H…O/O…H, F…H/H…F, H…Br/Br…H, C…C, C…O/O…C, C…N/N…C, F…O/O…F, N…F/F…N, H…N/N…H, C…Br/Br…C, O…Br/Br…O, N…Br/Br…N, Br…Br ve N…N gibi moleküller arası etkileşimler tespit edilmiştir. Kompleks 1 ve 2'nin toplam enerjilerine en büyük katkıyı elektrostatik ve dispersiyon enerjilerinin sağladığı belirlenmiştir. Komplekslerin SARS-CoV-2'nin spike proteini ve spike protein ile ACE2 bağlanma bölgesine karşı substrat etkileri in siliko olarak incelendiğinde, hidrojen bağı, karbon-hidrojen bağı, π-π istiflenmesi, π-π T-şekilli etkileşimleri, elektrostatik etkileşimler, halojen, π-katyon, π-alkil, amid-π etkileşimleri ve alkil etkileşimleri gibi birçok etkileşim vasıtasıyla proteinlere karşı antagonist etki sergileyebileceği tespit edilmiştir.