Köpeklerde kene kaynaklı bazı protozoon ve rickettsial enfeksiyonların Real Time PCR ile araştırılması ve saptanan izolatların moleküler karakterizasyonları

Abstract

Özet: Bu canis vogeli ve B. gibsoni izolatlarının 18S rRNA gen bölgesine ait sekanslarının dünyadaki aynı türden diğer izolatlarla ikili kıyaslamalarında %1,4±0,2, %0,3±0,2 ve %0,9±0,3 genetik farklılık saptanmıştır. E. canis için 16S rRNA gen bölgesi yönünden üç izolatın kendi aralarında %100 identik olduğu, dünyadaki izolatlarla ise %0,1 farklılık gösterdiği; A. phagocytophilum için ankA gen bölgesi yönünden üç izolatın kendi aralarında %99,8±0,2 identik olduğu, dünyadaki izolatlarla ise %0,9±0,3 farklılık gösterdiği; H. canis için 18S rRNA geni yönünden iki izolatın kendi aralarında %100 identik olduğu, dünyadaki izolatlarla ise %0,2±0,1 farklılık gösterdikleri tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışmayla Kayseri yöresinde köpeklerde kene kaynaklı protozoon ve rickettsial enfeksiyonların moleküler prevalansları saptanmış ve enfeksiyonlara yol açan türlerin çeşitli gen bölgeleri analiz edilerek moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Tüm izolatların Genbank kayıtları gerçekleştirilmiştir.Anahtar sözcükler: Anaplasmosis, babesiosis, ehrlichiosis, hepatozoonosis, köpek, moleküler karakterizasyon, Real Time PCR. B. gibsoni, A. phagocytophilum, H. canis, and B. canis vogeli was detected as 14.5%, 12.0%, 9.0%, 7.8%, 5.3%, and 2.3%, respectively while B.canis rossi was not detected in the examined samples. 182 (89.7%) out of the 400 samples were found to be infected with a single parasite species, and 21 (10.3%) were found to be infected with two species. According to the pairwise comparisons of 18S rRNA gene region of the isolates under B. canis canis, B.canis vogeli and B. gibsoni, 1.4±0.2%, 0.3±0.2%, and 0.9±0.3% genetic distance were detected with the other similar isolates from the world, respectively. Based on the 16S rRNA gene sequence alignments, 100% identity was found among the 3 isolates of E. canis while 0.1% genetic difference was determined with the isolates from the world. With respect to ankA gene region of A. phagocytophilum, 99.8±0.2% identity and 0.9±0.3% genetic difference were found among the 3 isolates obtained from Kayseri region and the isolates from the world, respectively. The 2 H. canis isolates were showed 100% identity to each other and 0.2±0.1% genetic difference were determined with the other isolates from the world with respect to 18S rRNA gene region. In conclusion, the molecular prevalence of tick-borne protozoon and rickettsial infections in dogs in Kayseri region was determined and the molecular characterizations of the obtained isolates were performed by analyzing the various gene regions in this study. All isolates were recorded to GenBank.

Türkiye’nin Trakya Bölgesindeki Küçük Ruminantlarda Görülen Anaplasma Türlerinin Moleküler Yöntemlerle Tespiti ve Tiplendirmesi

“…Recent studies reported the presence of A. phagocytophilum nucleic acids in sheep [24,25] , in goats [25] in ixodid ticks [26][27][28] , in cattle [24,29,30] and in dogs [31] , as well as A. ovis in sheep [25] , in goats [25] and in ixodid ticks [28,32] in discrete regions. In East Black Sea region of Turkey, A. phagocytophilum seroprevalence by IFAT has been observed 14.86% (107/720) and specific DNA ratio by nested PCR has been found 12.35% (22/178) in sheep [24] .…”

“…Given that sequence data was available only from selected samples and employed for confirmatiory purposes, a thorough analysis of A. phagocytophilum sequence variations was not possible. Limited divergence was reported from various targets such as 16S rRNA and ankA sequences from Turkey [25,31] . So far, Anaplasma infections in small ruminants have not been documented in Thrace region of Turkey.…”