Les zones humides littorales ont fait l’objet de changements importants dans l’ouest de la France en particulier depuis le XVIIIe siècle et connaissent aujourd’hui des processus de protection de leur caractère naturel. Cet article, issu d’une recherche doctorale, interroge les patrimoines naturels de trois zones humides littorales atlantiques dans un contexte de changements globaux. La lecture des documents de gestion et la réalisation d’une enquête qualitative composée de 27 entretiens auprès des acteurs de la protection de la nature et des usagers des sites montrent dans un premier temps que ces patrimoines protégés sont issus de la convergence de réalités écologiques, politiques et sociales. Ces patrimoines sont aujourd’hui reconnus et appropriés par les gestionnaires et usagers. Dans un second temps, l’analyse des entretiens met en lumière différentes visions portées sur ces paysages et révèle des controverses quant au choix des états de référence de ces espaces naturels protégés et de leur évolution future. Ces controverses puisent leur origine dans la pluralité des représentations sociales de la nature entre usagers et gestionnaires, dans l’influence des paradigmes autour de la protection des milieux naturels, et de l’histoire environnementale des sites étudiés.