Introducción. El manejo de pacientes con enfermedades crónicas no transmisibles, cuando se realiza a partir de recomendaciones basadas en la evidencia, mejora los desenlaces clínicos y los costos en salud. Pese a su importancia, poco se conocen la adherencia a las recomendaciones de guías y los procesos para su monitoreo en nuestro medio. El objetivo de este estudio es reportar la aplicabilidad y la adherencia a una selección de recomendaciones de guías de práctica clínica, en enfermedades crónicas no transmisibles, por médicos de Bogotá. Metodología. Estudio de corte transversal, línea de base de un experimento por conglomerados que evalúa el impacto de diseminar recomendaciones en siete enfermedades crónicas a pacientes, cuidadores y médicos. Participaron 177 médicos de instituciones de salud públicas y privadas. Se revisaron manualmente muestras consecutivas de sus historias clínicas en rangos de tiempo predefinidos (meta hasta 20 pacientes por médico, en hasta dos enfermedades de interés). Se calcularon las proporciones de aplicabilidad y adherencia en 40 recomendaciones. Resultados. Participaron 177 médicos (de 266 elegibles), de 7 instituciones, con 3,747 historias clínicas (21,093 pacientes/recomendación) analizadas. La aplicabilidad general fue 31.9% (IC95% 31.3%-32.6%), y varió considerablemente por recomendación (rango 0.3%-100%) y enfermedad (rango 10.7%-65%). La adherencia general fue 42.0% (IC95% 40.8%-43.2%), siendo mayor en síndrome coronario agudo (58.4%) y menor en diabetes mellitus (23.7%). Discusión. Esta es la medición más actualizada, exhaustiva y representativa de la adherencia a las recomendaciones de guías por parte de médicos de Bogotá. Conclusiones. La adherencia a recomendaciones basadas en evidencia, para pacientes con enfermedades crónicas no transmisibles de Bogotá, es deficiente y altamente variable.