La investigación cualitativa (IC) posibilita la apertura de las ciencias de la salud al conocimiento y transformación de realidades complejas como las que caracterizan la atención primaria (AP) y los servicios sanitarios. La AP representa el contexto idóneo para la prestación de una asistencia de calidad, integral, equitativa y orientada a las personas y a la comunidad, pero, a su vez, resulta especialmente vulnerable al actual cuestionamiento de los sistemas públicos y a la reducción de la ciencia y de la buena práctica al diseño experimental y a la cuantificación numérica de actividades. La justificación y los retos metodológicos del desarrollo de la IC en la AP requieren discutirse atendiendo a dichas particularidades. Desde esa perspectiva, se comparten algunas reflexiones sobre las exigencias y dificultades de la labor asistencial, la implantación de sistemas de registro e información inadecuados y los efectos paradójicos de la difusión de la medicina basada en la evidencia en la AP. La IC puede y debe ayudar a resituar la complejidad de la persona en el centro de la actividad asistencial e investigadora. Para ello, se argumenta la necesidad de apostar por la calidad en la IC, incorporar la narratividad y la integralidad en la evaluación de la buena práctica y promover la complementariedad de evidencias teniendo en cuenta las exigencias propias de cada enfoque metodológico. Estos requisitos solo son posibles desde el compromiso ético y la voluntad crítica y transformadora por parte del investigador.