Introdução: Instrumentos de avaliação de habilidades clínicas na medicina são importantes para a análise do conhecimento, habilidades e atitudes do estudante. Dentre eles, o Mini Clinical Evaluation Exercise (mini-CEX) vem se destacando por avaliar o estudante em ambiente real de prática, além de fornecer feedback imediato. Objetivo: Realizar uma revisão sistemática da literatura sobre a aplicação do instrumento mini-CEX na graduação do curso de medicina. Métodos: As bases de dados pesquisadas foram: Eric, Pubmed e Science Direct. Através de duas estratégias de busca diferentes: Busca A, com período de pesquisa de 2011 a 2016 e a Busca B, com intervalo de 2006 a 2016, foram incluídos artigos que abordam o mini-CEX como instrumento de avaliação das habilidades clínicas em acadêmicos de medicina. Foram consideradas as características gerais dos estudos, o uso do mini-CEX na graduação médica e os critérios avaliados por esse instrumento. Resultados: Dos 140 artigos encontrados, três atenderam aos critérios de inclusão. Os estudos avaliaram as habilidades clínicas dos estudantes de medicina com o uso do mini-CEX, a partir da: habilidade de comunicação, atitude/profissionalismo, humanização, raciocínio clínico, habilidades de aconselhamento, organização/eficiência e competência clínica geral. Dentre essas competências, a anamnese, o exame físico e a capacidade de comunicação são melhores avaliados pelo mini-CEX quando comparado a outros métodos de avaliação de competências. Além disso, competências como comportamentos pessoal e profissional obtiveram as maiores pontuações gerais. Conclusões. O mini-CEX parece ser uma ferramenta eficaz, de fácil aplicação e confiável na avaliação das habilidades clínicas dos acadêmicos de medicina.