Este trabalho busca uma aproximação entre o conceito de Biodefesa e a atuação do Ministério da Saúde (MS) em vigilância à saúde, e sua relação com a atividade de inteligência no órgão, nos termos da Política Nacional de Inteligência – PNI. Métodos: Abordagem qualitativa, descritiva; revisão bibliográfica, na qual foram selecionados artigos que abordam saúde pública e biodefesa, e inteligência sanitária. Objetivos: Descrever a atuação do MS quanto ao monitoramento e resposta a eventos de importância para a saúde pública, e como se configura a atividade de inteligência no âmbito do órgão, sob um enfoque de Biodefesa. Resultados: o MS possui uma extensa e organizada rede de monitoramento e resposta a eventos de saúde pública, atuando como uma unidade de inteligência epidemiológica, contribuindo para a Biodefesa do país; todavia, mesmo com excelente estrutura de vigilância, a inexistência de uma estrutura formal de inteligência, nos termos da PNI, é uma fragilidade do órgão, com provável impacto no resultado das suas atividades. Conclusão: Fortalecer ações de inteligência estratégica no MS, adicionadas à já existente inteligência epidemiológica, pode contribuir para o assessoramento da alta gestão da Pasta; a criação de uma unidade de inteligência, é altamente recomendável; ademais, o fomento de uma agência independente de controle de doenças pode contribuir de forma significativa para a atividade de combate às ameaças ao país, fortalecendo as estruturas de biodefesa nacionais.