Bu çalışmada nüfusu, gelişen sanayisi ve tarım faaliyetleri dikkate alınarak Alaşehir Çayı Alt Havzası pilot bölge olarak seçilmiş, havzadaki noktasal ve yayılı kaynaklardan gelen kirliliğin yüzey suyu kalitesine etkisinin incelenmesi hedeflenmiştir. Noktasal kaynaklı kirleticiler olarak alıcı ortama gelen kentsel ve endüstriyel atıksular; yayılı kaynaklı kirleticiler olarak gübre kullanımı, hayvancılık faaliyetleri, arazi kullanımı, katı atık sızıntı suları, fosseptik kullanımı ve atmosferik taşınım dikkate alınmıştır. Bu kaynaklardan gelen azot ve fosfor yüklerinin hesaplanması için basit ve kolay uygulanabilir bir metodoloji sunulmuştur. Söz konusu kirletici kaynakların yüzeysel su kalitesine etkisini belirlemek için 2015-2016 yıllarında dört dönem boyunca izleme yapılmıştır. Yapılan izlemeler Yerüstü Su Kalitesi Yönetmeliği (10.08.2016, RG: 29797) Ek 5, Tablo 2'de yer alan konvansiyonel parametreler üzerinden değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlar ışığında havzada oluşan toplam TN ve TP yükünün önemli bir kısmının (TN'un %79'u, TP'un %61'i) yayılı kaynaklı faaliyetlerden geldiği belirlenmiştir. Yayılı kirliliğe en fazla sebep olan kaynaklar gübre kullanımı (toplam yayılı TN'nin %37'si, TP'nin %48'i) ve hayvancılık faaliyetleridir (toplam yayılı TN'nin %34'ü, TP'nin %41'i). Noktasal kirliliğin ise belirgin olarak kentsel atıksu deşarjlarından kaynaklandığı (toplam noktasal TN'nin %93'ü, TP'nin %95'i ve KOİ'nin %83'ü) belirlenmiştir. Havzadaki yüzeysel su kalitesi genel olarak çok kirli (Sınıf IV) ve kirli (Sınıf III) olarak belirlenmiştir. Organik kirleticilerin kaynağının noktasal kirleticiler olduğu tespit edilmiştir. Noktasal ve yayılı kirletici kaynakların bulunduğu alanlardan geçen akarsuyun su kalitesi belirgin ölçüde kötüleşmektedir.